5.5 cm High-Throughput µPAC Neo HPLC Column

최근에 50cm Neo µPAC column으로 30 min DIA 분석법을 셋팅했습니다.

 

PRM 분석법의 경우 매우 감도가 좋기때문에 더 짧은 시간을 사용해도 좋습니다. 단 검출하고자 하는 펩타이드가 상대적으로 존재량이 높아야 겠지요. 대량의 시료를 분석해야 하는 실험을 대비해서 아주 짧은 시간의 PRM 분석법을 만들었습니다.

이번에는 5.5 cm High-Throughput µPAC Neo HPLC Column 을 사용했습니다.

https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/COL-LOLO050NEOB

 

최근에 µPAC Neo HPLC column이 업그레이드 되면서 새로운 모델이 나왔습니다. 그래서 기존의 컬럼은 웹상에서 보이지는 않습니다. 하지만 계속 판매는 한다고 하네요

 

이 컬럼을 사용한 논문도 있습니다.

https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC10838342/

Micropillar arrays, wide window acquisition and AI-based data analysis improve comprehensiveness in multiple proteomic applicati

 

이번에는 PRM 분석에 중점을 두었습니다.  그래도 10, 15, 20min DDA 분석도 해보았습니다.

• Exploris480
• DDA
• 50ngHeLa
• Gradient, 10, 15, 20min
• DB search: Proteome Discoverer 3.2+CHIMERYS

Standard 방법(~6000 proteins)에 비해서는 숫자가 적긴하지만 그래도 괜찮은것 같습니다. Complexity가 적은 시료의 경우 충분히 사용할수 있을듯합니다.

 

Cycle time을 조금 빨리 하게  검출수가 증가 할수 있을까 생각해서  MS2 resolution을 낮추어 보았습니다. 하지만 높은 resolution에서 검출수가 많습니다.  DB Search에서는  MS2 resolution이 높은것이 더 효과적인것 같습니다.

 

 

PRM 분석을 위해서 50ng HeLa standard에 Biognosys iRT를 1/256×, 1/64×, 1/16×, 1/4×, and 1× 로 희석하여 첨가한후 분석해보았습니다.

 

모든 펩타이들이 가장 낮은 농도에서도 잘 검출이 되었고 농도에 비례해서 Peak area로 잘 검출이 되었습니다. 아래는

VEATFGVDESNAK에 대한 Skyline 결과입니다.

 

256X dilution한 시료의 경우 아주 낮은 MS1 intensity를 가지는 VEATFGVDESNAK도 10min PRM에서 잘 검출이 되었습니다.

 

 

 

결론 

5.5 cm High-Throughput µPAC Neo HPLC Column 은 앞으로 분석시료의 수가 많을때 그리고 높은 감도를 요구하지 않는 분석에서 유용하게 사용될수 있을듯합니다.