MS1 Data Type (Profile vs Centroid)

지금까지 알기로는 MS1 Data type의 경우 Centroid보다는 Profile로 하는것이 좋다고 알고 있었습니다. 이유는 잘 기억이 나지 않습니다. 최근에 세미나에서 들은바로는 두 방법에서 큰 차이가 없다는 것입니다. 검색 프로그램 회사에 물어봐도 아마도 차이가 없을것이라고 합니다. 물론 Metabolic labeling 같이  MS1 peak에 의존해서 정량분석을 해야할때는 영향이 있을수도 있을듯합니다.

 

하지만 보통의 DDA나 DIA분석에서는 크게 영향이 없을것이라 생각합니다.  Raw 파일의 사이즈가 워낙 크다 보니깐 필요한 server의 용량도 계속 증가되는것 같습니다.

 

 

 

 

 

Centroid와 Profile 모드에서 파일 사이즈가 꽤 차이가 납니다.

 

하지만 DDA (Proteome Discoverer) 나 DIA (Spectronaut) 에서의 검출수에는 전혀 영향이 없습니다. DIA이 경우 정량값에 영향이 있을것이라고 생각했지만 본사의 답변은 차이가 없다고 하네요