Eclipse3 Orbitrap Eclipse에서 DIA Isolation window값 정하기 "Orbitrap Eclipse에서 DIA 분석조건의 최적화를 위해 먼저 적절한 Isolation window값을 찾고자합니다." Orbitrap Eclipse 설치후 DDA 실험방법 테스트는 거의 끝낸것 같습니다. 이번에는 적절한 DIA Method를 만들려고 합니다. 사실 모든 실험방법마다 최적화를 하면 좋겠지만 어느정도의 만족할만한 단백질/펩타이드수만 검출될수 있다면 무난히 사용해도 될듯합니다. DIA만을 전문적으로 하는 실험실이라면 보다 더 세밀하게 최적화를 해야겠지요. Orbitrap Eclipse의 빠른 속도와 감도로 인해서 이전 장비에 비해서 isolation window를 조금더 줄여도 될듯합니다. 하지만 검출수와 더불어 중요한것은 각 피크당 Data point의 수입니다. 보통 8~10개.. 2022. 3. 19. Orbitrap Eclipse Data-Indepenant Acquisition-Cycle time vs Top N Exploris480을 설치한후 테스트한것과 동일하게 Orbitrap Eclipse장비에서도 몇가지 테스트를 해보았습니다. 장비의 기능이 향상이 되어서 그런지 특별히 분석조건 최적화하지 않아도 늘 좋은 결과가 나오는것 같습니다. 그리고 주입되는 시료의 양과 Complex가 다양하기 때문에 모든 실험에 적용될수 있는 최적의 방법을 찾는것은 불가능합니다. 아주 특정한 실험에는 그에 맞게 최적화를 따로 해야 됩니다. 간단하게 Data-dependent acquisition에서 Cycle time 과 Numbers of Scan (Top N) 방법을 비교해보았습니다. 일단적으로 가장 많이 사용하는 Cycle time 2 와 Top 20, 30, 40를 비교했습니다. 아래는 100ng HeLa 에 대해 OT-OT.. 2022. 2. 28. Orbitrap Eclipse의 MS3 SPS Real-time search를 활용한 TMT 분석 (TKO TMT 11-plex standard) Orbitrap Eclipse를 사용하는데 있어서 기대감중 하나는 TMT 분석에 대한 성능이 향상되었다는것입니다. 기존의 Q-Exactive시리즈에서 사용했던 MS2 방법은 suppression 문제로 사용하지 않았었습니다. 대체방법으로 Orbitrap Fusion에서 MS3 SPS를 사용해서 이 문제를 많이 해결하였지만 단백질 검출수가 많이 떨어지는 단점이 있었습니다. 그래서 한동한 TMT 정량분석은 사용하지 않았고 DIA만을 사용하였습니다. DIA 분석법을 이용하면 비싼 TMT 를 사용하지 않고도 아주 좋은 결과를 얻었습니다. 하지만 여전히 TMT 분석을 선호하는 분들고 있고 실험전략에 따라 TMT분석이 더 효율적일수가 있습니다. 아마 Thermo Fisher에서 TMT 분석에 대한 광고를 잘 해와서.. 2022. 2. 25. 이전 1 다음
