TMT4 TMT labeling시 pH조건의 중요성 얼마전에 우연히 TMT labeling에 있어서 PH의 조건이 아주 중요하다는것을 설명해주는 논문을 읽었습니다. Labeling 시 pH조건이 중요한것은 알고 있었지만 이렇게 실험결과로 보니 다시 한번 인지하게 되었습니다. Assessment of TMT Labeling Efficiency in Large-Scale Quantitative Proteomics: The Critical Effect of Sample pH | ACS Omega ACS Omega 2021, 6, 19, 12660–12666 일반적으로 TMT labeling전 시료는 clean-up을 하고 또한 반응시 basic buffer (보통 TEAB)를 사용하기 때문에 특별히 pH가 변할 이유는 없습니다. 처음 실험을 하는 사람의 경우 .. 2022. 10. 9. Thermo사 TKO TMT11 대신 실험실에 TMT11 standard 만들기 Thermo 사에서 TMT11 분석을 위한 standard mixture를 판매하고 있습니다. 지난번 구매해서 분석을 해보았습니다. Orbitrap Eclipse의 MS3 SPS Real-time search를 활용한 TMT 분석 (TKO TMT 11-plex standard) 가격은 20 µg에 340불정도입니다. https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/A40938 바로 분석할수 있도록 만들어져 있기 때문에 아주 유용한것 같습니다. Labeling이나 기타 전처리 과정을 할필요가 없습니다. 20 µg이지만 (아마도)펩타이드 수준에서 정량이 된것이라 실험실에서 Digestion하여 얻은 20 µg보다는 더 많은 양입니다. 보통 한번 분석시 100 ng정.. 2022. 4. 10. Orbitrap Eclipse의 MS3 SPS Real-time search를 활용한 TMT 분석 (TKO TMT 11-plex standard) Orbitrap Eclipse를 사용하는데 있어서 기대감중 하나는 TMT 분석에 대한 성능이 향상되었다는것입니다. 기존의 Q-Exactive시리즈에서 사용했던 MS2 방법은 suppression 문제로 사용하지 않았었습니다. 대체방법으로 Orbitrap Fusion에서 MS3 SPS를 사용해서 이 문제를 많이 해결하였지만 단백질 검출수가 많이 떨어지는 단점이 있었습니다. 그래서 한동한 TMT 정량분석은 사용하지 않았고 DIA만을 사용하였습니다. DIA 분석법을 이용하면 비싼 TMT 를 사용하지 않고도 아주 좋은 결과를 얻었습니다. 하지만 여전히 TMT 분석을 선호하는 분들고 있고 실험전략에 따라 TMT분석이 더 효율적일수가 있습니다. 아마 Thermo Fisher에서 TMT 분석에 대한 광고를 잘 해와서.. 2022. 2. 25. 10-plex TMT SPS MS3 분석을 위한 Orbitrap Fusion Method 이전 글에서 TMT분석에 있어서 SPS MS3의 유용성에 대해서 간단히 테스트를 했었습니다. 그 외에 몇가지 분석 parameter 에 대한 테스트를 한것이 있어서 정리 하였습니다. 이전글] TMT 정량의 분석에서의 SPS MS3 방법은 진짜 좋은가? MS3 Resolution 10Plex TMT의 경우 Reporter ion의 분자량 차이가 많이 나지 않음으로 high resolution 이 요구됩니다. 그렇지 않을 경우 정량값에 영향을 줄수 있습니다. 일반적으로 Orbitrap Fusion으로 10-plex TMT 분석을 위해서는 60K의 분리능이 요구됩니다. 최근 SPS MS3 를 이용하여 MS2 기반에서 문제가 되는 TMT reporter ion의 supression를 해결하고 있습니다. 관련 논.. 2020. 10. 10. 이전 1 다음
