plasma4 PreOmics Plasma and Serum Enrichment Kit (Enrich-iST)-Human 한국에 있을띠 Plasma 을 이용한 실험을 꽤 오랫동안 했었습니다. Human Plasma Proteome Project에도 참여하기도 하였습니다. 이전에 Agilent 의 MARS 컬럼도 저희 팀에 Prototype 을 사용하여 본사측에 데이타를 주곤했습니다. 오랫동안 Antibody를 이용한 high abundant depletion이 상당히 유행했지만 어느순간 잘 사용하지 않습니다. 많은 문제점들이 발견되었기 때문이지요. 최근에는 Antibody가 아닌 방법으로 Enrichment 하는 기술들이 소개되고 있습니다.. 또한 질량분석기의 감도가 발전하면서 High-abundant proteins이 존재하더라도 많은 low abundant protein을 검출할수있습니다. 차후 Plasma 연구를 위한.. 2024. 2. 26. Spectronaut 15 의 Direct DIA 테스트 (Plasma & HeLa) 얼마전에 Spectronaut 15를 설치하였습니다. 요즘은 Spectra library 없이 direct DIA 방법을 많이 선호하는것 같습니다. 아무래도 Spectra library를 만들기 위해 소요되는 시간과 노력을 절약하기 위함인것 같습니다. 최근들어 Direct DIA에서 좋은 결과들이 나오고 있습니다. Human Plasma DIA (Q-Exactive HFX) Plasma 분석에 대한 요청이 들어온터라 이전에 분석했던 Plasma 데이타를 Spectronaut15로 분석해보았습니다. 이전에 Spectronaut14로 테스트한것과 유사합니다. Spectronaut 의 directDIA 분석과 Spectra library 기반의 정량분석 비교 Spectronaut 의 directDIA 분석과 .. 2022. 3. 1. 많은 수의 human plasma 시료의 정량분석을 위한 전처리 방법 Plasma 시료전처리의 어려움 Plasma 시료 분석 의뢰는 일반 분석에 비해서 많은 수의 시료를 접수합니다. 상대적으로 채취가 쉬워서 일수도 있고 의미있는 단백질을 찾기 위해서 여러 환자로 부터 시료를 모을때 까지 기다렸다가 접수하는것이 하나의 이유가 될수 있습니다. 혈액시료의 특이성 때문에 전처리할때 상당한 주의가 필요합니다. 특히 환자시료에 따라 점성이 높기 때문에 파이펫 에러가 생길 가능성이 높습니다. 혈액시료는 농도가 아주 높기 때문에 (50~60ug/ul) 전처리 할때 많은 양을 사용하지 않습니다. 이러한 이유로 소량의 volume을 파이펫으로 옮기다 보면 작은 시료 손실에도 정량분석에 영향을 많이 줍니다. 파이펫으로 정확한 볼륨이 옮겨지지 않거나 혹은 파이펫 주위에 추가로 묻은 혈액으로 전.. 2020. 9. 5. Increasing the number of Plasma protein identification with a deglycosylation? 개인적으로 Plasma 시료는 재미없는 시료중에 하나라고 생각합니다. 검출되는 단백질의 수가 많지 않으며 다양한 종류의 환자 시료에서도 검출되는 단백질은 거의 동일합니다. 조건을 잘 잡고 실험을 해도 새로운 단백질이 검출되는 것이 아니라 항상 검출되는 단백질의 펩타이드가 더 많이 검출될 뿐입니다. 분획을 하면 도움이 되겠지만 분획을 하는데 소요되는 노력에 비해서는 얻는것이 많이 없습니다. Human plasma에 존재하는 많은 high abundant proteins은 N-linked glycosylation이 되어 있습니다. 보통 N-linked glycopeptide의 경우 한 sequence에 여러 다른 종류의 glycan이 결합되어 있습니다. 이러한 이유로 tryspin digestion을 처리하.. 2020. 9. 3. 이전 1 다음
