Increasing the number of Plasma protein identification with a deglycosylation?

 

개인적으로 Plasma 시료는 재미없는 시료중에  하나라고 생각합니다.  검출되는 단백질의 수가 많지 않으며 다양한 종류의 환자 시료에서도 검출되는 단백질은 거의 동일합니다.  조건을 잘 잡고 실험을 해도 새로운 단백질이 검출되는 것이 아니라 항상 검출되는 단백질의 펩타이드가 더 많이 검출될 뿐입니다.  분획을 하면 도움이 되겠지만  분획을 하는데 소요되는 노력에 비해서는 얻는것이 많이 없습니다.

 

Human plasma에 존재하는 많은 high abundant proteins은 N-linked glycosylation이 되어 있습니다.  보통 N-linked glycopeptide의 경우 한 sequence에 여러 다른 종류의  glycan이 결합되어 있습니다.  이러한 이유로  tryspin digestion을 처리하게 많은 종류의 N-linked glycopeptide가 생성되어  스펙트럼을 복잡하게 만들게 됩니다

 

그래서 단순한 plasma protein identification 실험에서는 이러한 N-linked glycan을 제거한후 분석하면 좋다는 의견이 있습니다.  N-linked glycopeptide 의 경우 database 분석시 검색이 되지 않습니다. 하지만  N-linked glycan을 제거하면  펩타이드만 남게되어 검색이  펩타이드로 검출 가능하게 됩니다(Deamidation).  즉 더 많은 펩타이드가 검출될 확율이 높아지게 됩니다. 또한 스펙트럼도 덜 복잡하게 됨으로 펩타이드 분석에 용이하다는 의견입니다.

 

이론적으로는 가능한것 같습니다. 그래서 간단히 한번 비교해보았습니다.

 

 

Human Plasma digestion을 PNGase-F 로 처리한것과 처리하지 않은것을  각각  Profiling 하였습니다.  PNGase-F  처리한  시료의 경우 데이타분석시  deamidation(N)을 추가하였습니다. 

 

 

 

하지만 결과는 그다지 많이 유의적인 차이는 보이지 않았습니다.   Deamidatin peptide를 찾는 실험이 아니라면 굳이 PNGase-F를 처리하여 실험할 이유는 없어 보입니다.