Disulfide bond peptide의 분자량값 계산

 

 

 

 

Disulfide 펩타이드를 수작업으로 분석시  disulfide  bond로 결합될때의 m/z 값을 알고 있어야 합니다. 두 펩타이드의 분자량값을 더 한후 sulfide bond시 각 펩타이드에서 떨어지는 H의 분자량을 빼주면 됩니다 (총 2H). Human IgG 의 두개의 펩타이드를 예로 들어보겠습니다.  SGTASVVCLLNNFYPR 와 VYACEVTHQGLSSPVTK 

 

먼저 펩타이드의 정확한 분자량을 계산합니다. 인터넷에서 쉽게 계산할수 있습니다. 

예를 들어 http://rna.rega.kuleuven.be/masspec/pepcalc.htm 에서 계산할수 있습니다.

 

 

 

 

아래와 같이 두 펩타이드의 분자량은 각각 2440.0933 과 1385.6132 입니다. 이 두개의 펩타이드의 분자량을 더한후 Disulfide bond 형성시 떨어져 나가는 두개의 H에 해당하는 분자량을 빼줍니다.  H의  정확한 분자량은 1.00783입니다.

이렇게 계산하면 분자량은 3555.74884 입니다.  ESI에서의 m/z값을 계산하기 위해서는 아래의 공식을 사용합니다.  

m/z= (MW + nH+)/n, 여기서 H+의 값은 1.00727 입니다. 이렇게 계산하면 위에 테이블에서 보듯이 전하별 m/z는 

1778.8817(2+), 1186.2569(3+), 889.9445(4+), 712.1570(z=5), 593.6321(z=6)  이 됩니다. 

 

 

 

 

Human IgG를 분석했을때 SGTASVVCLLNNFYPR - VYACEVTHQGLSSPVTK의 precursor ion은 ESI에서 아래와 같이 검출되었습니다.   

 

 

이 중 z=5의 피크를 확대하면 아래와 같습니다.   Monoisotope peak 값이 이론적인 값과 수 ppm 이내에서 일치합니다. 

 

 

이렇게 disulfide bond 펩타이드의 monoisotope peak 의 m/z를 알게 되면 차후 수작업을 통한 분석이 가능합니다. 

 

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