Dynamic exclusion time 에 따른 단백질 및 펩타이드 검출수 비교

Dynamic exclusion time은  complex 시료에서 최대한 많은 펩타이드를 검출하기 위해 설정합니다.  DDA 분석에서 Intensity가 높은 펩타이드가 존재할 경우 주위에 낮은 intensty를 가지는 펩타이드가 MS/MS가 수행되지 않고 넘어가는것을 방지하기 위함입니다.   일반적으로 30~60초 정도를 설정합니다. 이렇게 하면 일반 nano LC에서 보통 피크 한개당 한번 혹은 두번정도 MS/MS를 수행하게 됩니다.

 

Promega 사의  Yeast digest standard를 이용하여 서로 다른 Dynamic exclusion time에서 분석하여 단백질 과 펩타이드 수를 비교해 보았습니다.  100 ng을 주입하여 1 hour 와 30 min LC gradient로 각각 Q-Exactive 로 분석하였습니다.

 

1hr LC gradient 

아래는 1hr LC gradient를 사용하여  5s, 10s, 20s, 30s, 40s, 50s, 60s 에서의 100ng Yeast standard 의 단백질과 펩타이드 수 그래프입니다. 전체적으로 검출된 수에는 큰 차이가 없습니다. 단백질의 수는 20s, 30s에서 가장 많고 펩타이드의 수는 10s 와 20s에서 가장 많습니다.

 

30min LC gradient

아래는 30 min LC gradient를 사용하여 5s, 10s, 20s, 30s, 40s, 50s, 60s,120s 에서의 100ng Yeast standard 의 단백질과 펩타이드 수 그래프입니다. 60 min에서의 결과와는 다르게 dynamic exlusion time이 더 긴 시간인 60s와 120s에서 가장 많은 단백질 수가 검출되었고 펩타이드의 경우 10s와 20s에서 가장 많이 검출되었습니다.

 

 

Conclusion

 

검출된 펩타이드의 수와 단백질 수는 비례하지 않을수 있습니다. 예를 들면 한 개의 단백질에서 유래된 10개의 서로 다른 펩타이드와 10개의 단백질에서 각각 한개의 펩타이드가 검출될 경우 펩타이드의 수는 동일하지만 단백질 수는 다릅니다. 이러한 이유로 단백질 수와 펩타이드 수가 서로 다른 경향을 보일수 있습니다.

 

LG gradient에 따라 경향성도 약간 달라질수 있습니다.  LC gradient가 짧을수록 더 좁은 넓이의 피크가 생성됩니다. 이것으로 인해 dynamic exclusion time에 따라 검출되는 펩타이드의 경향이 달라질수 있습니다.

 

 

최근 장비의 경우 감도와 속도가 아주 좋기때문에 이전에 비해서 dynamic exlusion time에 따라 검출되는 펩타이드의 수가 크게 영향을 받지 않습니다. 하지만  시료의 complexity가 LC gradient (특별히 피크 넓이)에 따라 조절을 해주게 되면 추가적인 결과를 얻을수있습니다.