Fixed First mass 값에 따른 단백질 및 펩타이드 수 비교

 

Q-Exactive series에는 Fixed First mass  기능이 있습니다.  Precursor ion의 m/z에 상관없이 first m/z를 고정할수 있으며 Dynamic을 방식으로 precursor ion에 따라 자동적으로 달라지는 형태가 있습니다.

 

 

보통 고정된 값을 사용할때는 m/z 100을 사용합니다. 일반적으로 가장 많이 사용하는  tryptic digestion을 하게 되면 y1은 K (m/z 147) 나 R (m/z 175)이 됩니다.  분자량이 적은  immonium ion 을 검출하기 위해서는 First mass 값을  이렇게  100 혹은 50 으로 낮은 값으로 고정을 하는것이 좋습니다. 하지만 실제로 database 검색시 얼마나 효과가 있을지는 모르겠습니다.  프로그램에 따라 immonium ion을 많이 고려하지 않기도 합니다.  낮은 Fixed mass 값을 설정하게 되면 불필요한 피크들이 더 많이 존재하게 되어  FDR cut-off로 인해 역효과가 날수도 있습니다. 하지만 이것은 어디까지나 이론적인것이며 실제로 큰 영향을 없을것이라 생각합니다.

 

 Fixed m/z 100 vs Dynamic

아래는 100ng Yeast digest 와 humna plasma 시료에 대해  Fixed First mass를 m/z 100으로 고정한것과 Dynamic으로 분석한 결과입니다. 예상한데로 단백질과 펩타이드의 수에는 크게 영향을 주지  않는것 같습니다.

 

 

100ng Yeast Digest

 

Plasma

아래 벤다이어그램에서도 보듯이 검출된 펩타이드의 종류에도 크게 차이가 나지 않습니다.