유사한 m/z 펩타이드가 유사한 시간에 용리될때 구분하는 방법

m/z 가 유사한 precursor ion이 거의 동일한 시간대에 용리된다면  이 두 펩타이드를 구분하는데 약간의 주의가 필요합니다.

 

앞의 글에서 나온 BSA의 SLGKVTR을 예로 들어 보겠습니다. SLGKVTR의 경우 이론적인 m/z  값은 409.2482 입니다.   MS1 spectrum 에서 비록 intensity 가 낮지만 아래의 스펙트럼에서와 같이 m/z 409.2479 ( -0.7 ppm)가 검출되었습니다.

 

앞에서 글에서 볼수 있듯이 이 펩타이드에 대한  MS2 스펙트럼을 얻기 위해서 PRM을 수행하였습니다.  아래는 m/z 409.2482에 대한 MS1 XIC와 PRM MS2 스펙트럼을 보여줍니다. m/z 409.2482에 대한 MS1 과  MS2의 피크의 시간이 차이가 납니다.  m/z 409.2482의 precursor ion이 용리되는 시간(위)보다 약간 뒤에서 검출이 된것같습니다. 약 8/100초 뒤에서 나옵니다(아래).

 

 

7.98 min의 MS2 스펙트럼에서는 해당펩타이드 (SLGKVTR)에 해당하는 이론적인 의 fragment ion 이 보지 않습니다.

 

다시 MS1 spectrum을 체크해보면 아주 바로 뒤에서 m/z 409.7146 피크가 보입니다. 이것은 ATEEQLK에 해당하는 펩타이드입니다. 

 

두 펩타이드의 XIC를 비교해보면 두 펩타이드가 유사한 시간대에 용리된것을 확인할수 있습니다. SLGKVTR의 피크가 줄어들때 쯤에 ATEEQLK의피크가 올라가고 있습니다. 

 

 

 

 

 ATEEQLK의 intensity가 상대적으로 높기 때문에서 PRM 스펙트럼은 ATEEQLK에 해당하는 MS2 스펙트럼이 보이게 됩니다.  PRM의 경우 1~1.5 m/z window isolation을 사용하기 때문에 두 펩타이드가 동시에 isolation 됩니다. 

 

SLGKVTR에 대한 MS2 스펙트럼을 찾기 위해서는 ATEEQLK 의 피크가 나오기 바로전에 해당하는 시간대에서 찾아야 합니다.  이전에 글에서 나온데로 아래와 같이 SLGKVTR에 대한 MS2 스펙트럼을 얻을수 있습니다. 

 

 

DDA 분석의 경우  만약 fragmentation 되는 시점에 두 펩타이드가 동시에 용리되는 시간이라면,  두 펩타이드의 fragment 이온이 혼합되어 있을수 있습니다. 이때 상대적으로 높은 intensity를 가지는 ATEEQLK에 해당하는 fragment ion 들이 대부분 차지 하게 됩니다. 이로인해  DB 검색에서는 SLGKVTR 이 검출되지 않을수 있습니다.