Xcalibur Qual browser 에서 Fixed scale로 피크들의 상대적인 높이 비교하기

Labe-free Quantitation 방법으로 정량분석후 상대적인 정량값은 프로그램에서 계산된 값을 사용하여 비교합니다.  Large-scale에 의한 정량분석결과를 보게 되면 차이나는 단백질의 수가 상당히 많습니다. 하지만 차이나는 단백질중에 False-positive도 상당히 많이 존재하게 됩니다.  결과에 대한 신뢰성을 높이기 위해서는 차이나는 단백질중 흥미로운 단백질이 발견되면 수작업을 통해 한번더 재확인하는 것이 좋습니다.

 

이를 위해  Xcalibur Qual Browser를  단백질에 해당하는 대표적인 펩타이드의  Extraction Ion chromatogram(XIC)를 비교하는것입니다.  이때  Fixed scale로 보면 상대적인 차이를 확연하게 비교해볼수있습니다.

 

예를 들어 아래와 같이 4개의 BSA 스펙트럼이 있습니다.  전체 크로마토그램으로는 특정 단백질의 상대적인 값을 알수없습니다.

 

 

아래는 대표적인 펩타이드인 YICDNQDTISSK 의  m/z 값인 722.3254으로 XIC를 보여줍닌다.

 

 

크로마토그램의 오른쪽의 intensity를 통해 상대적인 값을 알수 있습니다. 하지만 크로마토그램으로 볼때는 특별히 차이가 나는것 처럼 보이지 않습니다.  이때에서 아래와 같이 Fixed scale값을 설정합니다. 위의 크로마토그램에서 가장 높은값이 6.51E8로 나왔습니다. 이 높은 값보다 약간 높은값(7E8)을 정해서 노란색으로 표시한것과 같이 모든 크로마토그램에 적용시킵니다.

 

 

아래에서 보듯바와 같이 상대적인 높이가 확연이 다르다는것을 쉽게 알 수 있습니다.  

 

 

이 방법을 사용하면 시각적으로 확연히 차이를 느낄수 있기 때문에 발표할때 유용합니다. 가끔 정량분석 결과에서는 차이가 나는것으로 나왔지만 이방법을 통해 확인할 경우 차이가 나지 않는 경우가 있습니다. 이것은 프로그램에서의 오류일수 있으므로 결론은 신중하게 내려야합니다.