Precursor ion이 충분히 fragmentation 되지 않는 경우

보통 Q-Exactive 시리즈에서는 HCD fragmentation을 위한 NCE값을 27정도로 설정합니다.  이유는 정확히 모르겠지만 가끔씩 Precursor ion이 충분히 fragmentation이 되지 않고 MS2에 상당한 양으로 남아있는 경우가 있다.  아마 fragmentation을 담당하는 장비 부분이 오염이 되었거나  혹은 충분히 최적화가 안되어서 그럴것입니다.  이러한 이유로 가끔씩은 MS2 스펙트럼을 수작업으로 체크해야 할 필요가 있습니다.

 

최근에 BSA 결과에서 precursor ion이 MS2에 상당한 많이 남아 있는것을 발견하였습니다.  하지만  단백질을 검출하는데는 큰 문제는 되는않습니다. 만약 기존의 결과에 비해서 전반적으로 MS2 스펙트럼에 precursor ion이 남이 남아있다면 장비의 이상을 의심해봐야 됩니다.  

 

아래는 두개의 대표적인 BSA 펩타이드에 대해 27, 30, 32 NCE에 의한 MS2 스펙트럼입니다.  27 NCE 값에서 precursor ion이 상당히 남아 있습니다 NCE 값을 30, 32로 증가시키면 Precursor ion의 높이가 점점 줄어듭니다.  이렇게 특별한 조치를 하기 전까지 임시로 NCE를 조절하여 보정할수 있습니다.