Methionine removal and Acetylation at Protein N-termini

단백질의 N 말단의 Methione의 절단이나 N-α-acetylation 은 일반적인 Modification중에 하나입니다.  Proteome Discoverer 의 SEQUEST 검색엔진은 이 Modification이 기본값으로 설정되어 있습니다.

 

 

Promega사의 K562 human extract를 digestion하여 2 ug으로 분석한후 검색을 해보았습니다.  총 검출된 펩타이드 55466중에 604개가 Met-loss 혹은 Met-loss-Acetyl로 검색되었습니다. 대략 1%정도 되는것 같습니다. 리스트를 보니 Met-loss-Acetyl이 Met-loss보다는 훨씬더 많습니다. 

 

 

즉 경우에 따라서는 이 PTM을 추가하는것이 단백질 검출에 도움이 될듯합니다. 만약 단백질의 N-terminal 쪽의 sequence를 검출해야 한다면 이 PTM은 추가해야 합니다.  하지만 검색엔진에 따라서 이 PTM을 설정하지 못할수도 있습니다.  또한 Proteome Discoverer 의 INFERYS node에서는 이 PTM이 허용되지 않습니다