분류 전체보기537 Orbitrap Eclipse, 50ngHeLa, FAIMS DDA Method 최근에 질문이 들어온것도 있고 해서 몇가지를 공유하고자 합니다.좋은 결과를 얻기 위해서는 분리가 잘되어야 합니다. 아래는 50ngHeLa로 분석한 크로마토그램의 예 입니다. 1시간 분석에서 앞쪽과 뒤쪽을 빼고는 전 영역에서 펩타이드가 골고루 넓게 잘 퍼저 있습니다. 피크의 모양도 좋습니다. FAIMS (3 CVs), OTIT, PD3.1+CHIMERYS 2.0로 검색하면 약 7,000개 단백질이 검출됩니다. 물론 최근 TimsTOF이나 Astra 장비에 비해서는 적은 숫자입니다. 또한 CHIMERYS가 아닌 SEQUEST로 검색하면 검출수는 훨씬 줄어듭니다. 질량분석기 파마미터는 아래를 클릭하면 다운로드 받을수 있습니다. 처음 장비를 셋팅하시는 분에게는 도움이 될것같습니다. 2024. 8. 11. Orbitrap Eclipse S/W update (FAIMS Voltages : Scanning mode) 최근에 Orbitrap Elipse 소프트웨어 업그레이드를 하였습니다. 이 버젼에서는 FAIMS을 이용한 DDA 분석에서 여러개의 CV에 대해 각각의 Experiment를 만들어야 했습니다.이번 업데이트 버젼에서는 다양한 FAIMS CV값을 한개의 experiment로 만들수 있습니다. 단 DDA만 가능하고 DIA는 불가능합니다. 아래와 같이 CV값의 범위를 정해주고 구역을 나누어 주면 됩니다. 각 간격이 동일한 CV값을 가져야 합니다. 만약 45, 60, 75 V로 만들고 싶다는 불가능합니다. 50ng HeLa standard 를 이용하여 각각의 방법으로 분석했을때 검출수에는 차이는 거의 없습니다.(50ngHeLa, 60min DDA, CHIMERYS 2.0) 2024. 7. 29. Spectronaut 19 이번 ASMS 기간에 Spectronaut 18이 19( SP19)버젼으로 업그레이드 되었습니다. 궁금하기도 해서 학회기간동안 호텔에서 몇가지 테스트를 해보았습니다. 기존 DIA 결과를 19버젼으로 분석했을때 검출수나 정량성이 향상된것을 알수 있습니다.아래는 두개의 서로 다른 시료를 셋을 분석한 raw 파일을 각각 SP18과 SP19로 분석한 결과입니다. 19버젼에서 단백질 및 펩타이드의 수가 증가하였습니다. Volcano Plot를 비교해보면 SP18에서 보이던 상당히 차이나는 단백질이 SP190에서는 보이지 않습니다. 아래는 500pg HeLa standard를 DIA로 분석한 결과에 대한 비교 있습니다. 동일한 raw 파일이지만 SP19에서 더 많은 수의 단백질과 펩타이드가 검출되었습니다.. 2024. 6. 21. Single-Cell Proteomics (ASMS) 이번 ASMS때 Single-cell Proteomics(SPC)에 관한 포스터가 상당히 많이 전시되었습니다. 업체뿐만 아니라 많은 연구실의 결과들 입니다. SPC 실험을 준비하는 입장에서 여러가지 기술적인 부분에 관심이 있었습니다. 시료 전처리의 경우 cellenONE® 장비를 쓰는 경우가 많지만 또한 자체적으로 개발한 시료전처리 방법도 많이 전시되었습니다. 자체적으로 개발한 방법은 일반 실험실에서 사용하기에는 적절한것 같지 않아서 주의깊게 보지 않았습니다. 질량분석기쪽의 최적화를 위한 실험은 대부분은 HeLa standard를 dilution해서 사용하였습니다. IonOpticks사의 Aurora컬럼으로 좋은 결과들이 많이 나왔습니다. 이번에 알게 된것은 시료전처리나 시료를 녹일때 .. 2024. 6. 13. 2024 ASMS (Anaheim, CA) 이번 ASMS는 최근 몇년의 참석에 비해서 좋은 정보를 많이 얻을수 있었습니다. 아는만큼 보인다는 말이 실감납니다. 최근에 Single-cell Proteomics와 Top-down proteomics 플랫폼을 만들고 있어서 그런지 관련 내용에 대한 자세한 정보를 더 많이 얻을수 있었습니다. 특히 Single cell proteomics에서는 대부분TimsTOF 과 Astral 장비가 사용되었습니다. 시료전처리부분만 어느정도 해결되면 이제는 분석에는 큰 문제가 없어 보입니다. 이번에 Brucker와 Thermo 장비 판매팀과 미팅이 있었습니다. 서로 자신들의 장비에 대한 자부심이 대단했습니다. 어느 장비를 사용해도 상관없을 만큼 두 장비의 성능이 아주 좋은것 같습니다. 기회가 된다면 두 장비중 하나.. 2024. 6. 11. Three oocytes of C.elegans (~2700 proteins) 최근에 아주 재미있는 실험을 하고 있습니다. 3 개의 C.elegans oocytes 시료 분석입니다. Single oocyte는 아니고 3개의 oocyte를 합친 시료입니다. 이전에 1ngHeLa standard로 약 4000개의 단백질을 검출할 수 있습니다.이전글https://proteomicstechnology.tistory.com/576 1ngHeLa with 50 umID column-4800 proteins (DIA)앞에 글에서 50µm ID 컬럼의 성능을 비교하는 내용이 있습니다. 50 µm vs 75 µm ID 컬럼 50 µm vs 75 µm ID 컬럼 최근 2년동안 일반적인 실험법은 대부분 최적화를 했습니다. 물론 조금더 향상을 시킬수proteomicstechnology.tistor.. 2024. 5. 25. 이전 1 2 3 4 5 6 ··· 90 다음
