분류 전체보기540 Useful data analysis tools (Johns Hopkins Medicine) https://www.nalab.jhmi.edu/general-8 Useful links | ProteomicsGene Ontology and/or pathway analyses DAVID : Pathway and Gene Ontology analyses Metascape : Gene Ontology and pathway analysis PANTHER : Gene Ontology analysis Webgestalt : Gene Set analysis ARACNe : Reconstruction of cellular networks WGCNA : Weighted cwww.nalab.jhmi.edu 2024. 8. 22. FAIMS CV times FAIMS 를 사용할때의 한가지 아쉬운점은 CV가 바뀌때 어느정도 시간이 소요된다는것입니다. 물론 큰 영향은 아닙니다. 하지만 DIA와 같은 정량분석에서는 Peak 당 point가 아주 중요합니다. FAIMS mode에서 CV 갯수가 늘어날수록 그 만큼 잃어버리는 시간이 있기 때문에 point가 줄어들수 있습니다. 2024. 8. 15. Hoocked, Nir Eyal 저는 습관형성에 관심이 많습니다. 일상을 좋은 습관으로 지내면 좋을것 같다는 생각을 합니다. 좋은 습관은 또한 우리를 늘 성장하게 만들어줍니다. 우리의 일상이 마음먹은 대로 되지 않을 때는 나에게 어떤 나쁜습관이 있는지 한번 점검해보는것도 좋습니다. 이 책은 습관을 형성하는 제품을 개발하는 데 있어서 심리학을 탐구한 책입니다. 즉 어떻게 소비자가 습관적으로 자신들의 제품을 사용하게 만들게 할수 있느냐에 대한 내용입니다. 그런 제품을 만들기 위해서는 인간의 심리와 습관패턴을 알아야 겠지요. 우리는 수시로 트위트와 같은 쇼설미디어에 들어갑니다. 사실 이것은 인간에게 형성된 습관을 근거로 만들어져 있기 때문입니다. 저자는 사용자의 참여를 유도하고 사람들이 쉽게 놓지 못하는 제품을 만드는 데 사용.. 2024. 8. 12. Orbitrap Eclipse, 50ngHeLa, FAIMS DDA Method 최근에 질문이 들어온것도 있고 해서 몇가지를 공유하고자 합니다.좋은 결과를 얻기 위해서는 분리가 잘되어야 합니다. 아래는 50ngHeLa로 분석한 크로마토그램의 예 입니다. 1시간 분석에서 앞쪽과 뒤쪽을 빼고는 전 영역에서 펩타이드가 골고루 넓게 잘 퍼저 있습니다. 피크의 모양도 좋습니다. FAIMS (3 CVs), OTIT, PD3.1+CHIMERYS 2.0로 검색하면 약 7,000개 단백질이 검출됩니다. 물론 최근 TimsTOF이나 Astra 장비에 비해서는 적은 숫자입니다. 또한 CHIMERYS가 아닌 SEQUEST로 검색하면 검출수는 훨씬 줄어듭니다. 질량분석기 파마미터는 아래를 클릭하면 다운로드 받을수 있습니다. 처음 장비를 셋팅하시는 분에게는 도움이 될것같습니다. 2024. 8. 11. Orbitrap Eclipse S/W update (FAIMS Voltages : Scanning mode) 최근에 Orbitrap Elipse 소프트웨어 업그레이드를 하였습니다. 이 버젼에서는 FAIMS을 이용한 DDA 분석에서 여러개의 CV에 대해 각각의 Experiment를 만들어야 했습니다.이번 업데이트 버젼에서는 다양한 FAIMS CV값을 한개의 experiment로 만들수 있습니다. 단 DDA만 가능하고 DIA는 불가능합니다. 아래와 같이 CV값의 범위를 정해주고 구역을 나누어 주면 됩니다. 각 간격이 동일한 CV값을 가져야 합니다. 만약 45, 60, 75 V로 만들고 싶다는 불가능합니다. 50ng HeLa standard 를 이용하여 각각의 방법으로 분석했을때 검출수에는 차이는 거의 없습니다.(50ngHeLa, 60min DDA, CHIMERYS 2.0) 2024. 7. 29. Spectronaut 19 이번 ASMS 기간에 Spectronaut 18이 19( SP19)버젼으로 업그레이드 되었습니다. 궁금하기도 해서 학회기간동안 호텔에서 몇가지 테스트를 해보았습니다. 기존 DIA 결과를 19버젼으로 분석했을때 검출수나 정량성이 향상된것을 알수 있습니다.아래는 두개의 서로 다른 시료를 셋을 분석한 raw 파일을 각각 SP18과 SP19로 분석한 결과입니다. 19버젼에서 단백질 및 펩타이드의 수가 증가하였습니다. Volcano Plot를 비교해보면 SP18에서 보이던 상당히 차이나는 단백질이 SP190에서는 보이지 않습니다. 아래는 500pg HeLa standard를 DIA로 분석한 결과에 대한 비교 있습니다. 동일한 raw 파일이지만 SP19에서 더 많은 수의 단백질과 펩타이드가 검출되었습니다.. 2024. 6. 21. 이전 1 2 3 4 5 6 ··· 90 다음
