Morpheus (Free, Simple, Fast search tool) 사용법 알아보기

실험장비에서 LC-MS/MS 장비 QC 용으로 사용할 간단한 검색프로그램설치하기 

 

다른 글에서 이야기 했듯이 대부분 실험실에서 분석을 시작하기 전에 Standard mixture (e.g, BSA)로 장비상태를 확인합니다. 이때 데이타베이스 검색프로그램을 이용합니다. 하지만 데이타베이스용 컴퓨터는 장비 운용 컴퓨터와 분리되어 있거나 다른 사람들과 공용으로 사용합니다. 그래서 데이타 생성후 바로 검색하기가 어려울때가 있습니다. 매번 파일을 옮기는것도 귀찮습니다. 이때  장비용 컴퓨터에 설치하여 바로 검색할 수 있는 적은용량의 툴이 있으면 좋겠다고 생각했습니다.

 

 Morpheus  는 적은 용량의 프로그램이라 실험장비에 설치해도 장비운영에 아무런 영향을 주지 않습니다.  BSA raw 파일을 드래그후 검색하는데 30초도 걸리지 않습니다. 이론상으로 대용량 파일도 가능한것 같습니다. 하지만 대용량의 파일은 검색 전용 컴퓨터에서 여유롭게 검색하는게 좋습니다. Morpheus 프로그램은 여러군데에서 다운로드 할 수 있습니다. 예를 들면 https://cwenger.github.io/Morpheus/  에서 다운로드 할수 있습니다. 최신버전을 위해서  아래그럼에서와 같이 노란색 부분을 클릭합니다.

 

 

 

그 다음 본인이 실험하는 장비에 해당하는 파일을 다운로드합니다. 저는 Thermo장비만 사용하고 있음으로  " Morpheus Thermo.zip" 파일을 다운로드 합니다.

 

압축파일을 풀게 되면 아래와 같은 파일이 생성되며 추가적인 설치없이 " Morpheus (Thermo)" application 파일을 실행하면 프로그램이 열립니다.

 

 

 

 

검색을 위해서는 아래 그림과 같이 먼저

1) BSA fast 파일을 불러옵니다.

 

 

BSA.fasta

0.00MB

 

2) 분석한  raw 파일 드래그하여 옮깁니다.  여러개의 BSA파일이 있으면 한꺼번에 드래하면 됩니다. 

3) 적절한 Parameters를 셋팅합니다. 보통 default를 사용하면 되고  precursor Mass tolerance 와 Product Mass tolerance를 수정하면 됩니다. High resolution일 경우 10 ppm, low resolution iontrap일 경우 0.5~0.6 Da 정도하면 됩니다. 검색하고자하는  raw파일은 닫습니다. 해당파일이 오픈된 상태에서는 검색이 안됩니다.

 

 

 

준비가 완료되면 그냥 맨 아래의 " Search" 버튼을 누르게 되며 초록색바가 오른쪽으로 이동하면 완료된것입니다.

BSA 한개의 파일일 경우 약 10초 정도 소요됩니다.

 

 

 

분석이 끝나면 아래와 같은 몇가지 파일이 생성됩니다. 

 

 

 

보통 ***.Protein_Groups.TSV파일을 엑셀로 열어서 sequence coverage와 number of unique peptides 를 확인합니다.

 

예제파일 다운로드

 

BSA.protein_groups.tsv

0.00MB

 

절대적인 값보다는 전날과 비교해서 어느정도 수준인지 확인합니다.

>80% Excellent,  70< % >80 : good,  60 < % <70 : acceptable,  <60: may need a clean

실험의 목적에 따라 진행여부를 결정합니다  아주 높은 감도가 필요한 실험 (매우 적은 양의 시료, PTM 분석)일 경우 상대적으로 높은 sequence coverage를 가질때 진행합니다. 단순한 단백질 정성 분석이나 테스트용은 70% 전후에서 진행해도 상관 없습니다.하지만 sequence coverage 가 낮을 경우 단순히 MS의 감도만의 문제가 아닐수 있습니다. LC injection의 문제, trap-column에서의 loss, BSA의 오염등이 있음으로 이때는 더 정밀한 점검이 필요합니다.