데이타베이스 검색조건에서 Enzyme의 Semi 옵션으로 N-terminal 펩타이드 검출하는 법

 

Part1에서 소개한것에 이어 "Semi" 검색은 단일 단백질에서 추가적은 PTM sites를 찾는데도 유용하다.

 

간단히 acetylated BSA (Sigma-Aldrich, B2518)로 테스트해보았다

Sample: 250ng Acetylated BSA (on-column)

Instrument: UltiMate™ 3000 RSLC coupled to Q-Exactive HFX

DB search: Proteome Discoverer 2.3

 

아래는 Trypsin Full 와 Semi 로 각각 검색했을때의 결과이다. 결과에서 보는것과 같이 "Semi"에서 더 높은 sequence coverage 보였다.

 

Figurer 1.  BSA output with a trypsin full

Figurer 2.  BSA sequence coverage with a trypsin full

 

 

Figurer 3.  BSA output with a trypsin semi

 

Figurer 4.  BSA sequence coverage with a trypsin semi

 

아래의 노란색 부분은 "semi"에서만 검출된 sequence 영역이다.

Figure 5, Unique Peptide sequence with a Trypsin Semi 

아래 그림은 trypsin Full 에서는 검출되지 않았으나 "Semi"에서 검출된

Figure 6. MS/MS Spectra of LAKEYEATL identified only with a trypsin semi

 

하지만 "Semi"에서 월등히 많은 unique peptide가 검출되었지만 "Semi"에서 새롭게 검출된 sequence의 경우 많은 수가 "Full"에서 검출된 sequence와 overlap 되는 경우가 많았다. 그리고 "Semi" option이 모든 분석에서 더 좋은 결과를 도출하는것은 아닐것이다.  그러나 시간이 허락될 경우 각각 검색을 하여 더 나은 결과를 취하면 될것이다. 

 

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