Proteinase K and Pepsin Digestion with BSA standard

질량분석전 Protein digestion에서 Proteinase K 나 Pepsin 는 거의 사용하지 않습니다. 하지만 특정 펩타이드를 검출시 일반적인 enzyme (e.g, Trypsin. Lys-C, chymotrypsin등)이 적절치 않을때 사용될수 있습니다.  실제 실험에는 사용한적이 없지만 차후 실험을 위해서 BSA로 테스트를 해보았습니다. Tryspin, Proteinase K, Pepsin으로 각각 BSA를 Digestion하였습니다.  Pepsin digestion은 pH3에서 수행하였습니다. 

 

 

 

 

아래는 3가지 서로 다른 enzyme (Trypsin, Proteinase K, Pepsin)에 대한 BSA의 Base-peak chromatogram 입니다. 

 

 

얻어진 raw파일은 Proteome Discoverer로 검색을 하였습니다.  검색시 Full 와 Semi 두가지로 각각 검색하였습니다.  아래는 검출된 Sequence map와 Sequence coverage를 보여줍니다.

 

 

예상대로 Trypsin에서 가장 좋은 결과를 보여줍니다. 다른 두개의 enzyme에서도 펩타이드가 검출되었지만 sequence coverage는 좋지 않습니다. 아마 너무 짧은 펩타이드나 긴 펩타이드가 생성된것이 하나의 이유가 될것같습니다. Trypsin과 Protenase K의 경우 검색시 Full 와 Semi가 큰 차이가 없습니다. 하지만 Pepsin의 경우 Semi로 검색시 sequence coverage가 크게 향상되었습니다

아래는 Pepsin digestion후 검색시 Full option에서는 검색되지 않았지만 Semi option에서 검출된 펩타이드의 MS/MS 스펙트럼입니다. 매우 잘 검출이 되었습니다. 

 

 

Trypsin에서 높은 sequence coverage가 나왔기 때문에 다른 다른 두 개의 enzyme에서 검출된 펩타이드를 모두 포함하고 있습니다. 즉 BSA의 경우 두 enzyme (Protenase K, Pepsin)이 크게 도움이 되지 않습니다. 하지만 K, R 이 별로 존재하지 않는 단백질의 경우 이 두 enzyme 이 도움이 될것이라 생각합니다.

 

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