Promega사의 rAsp-N(P/N VA116A)의 사용후기 및 적용방법

rASp-N을 이용하여 Sequence coverage 증가시키기

 

2018년 ASMS ( San Diego, California) 에서 우연히 Promega사의 Poster를 보았습니다. 새로나온 rAsp-N enzyme를 소개하는 내용이었습니다.

 

Asp-N digestion: Hydrolyzes Peptide Bonds on the N-Terminal Side of Aspartic and Cysteic Acid Residues (Asp and Cys)

 

종종 분석의뢰자가 분석하고자 하는 단백질의 sequence에 K, R 이 적절하게 존재하지 않아서 trypsin으로 충분한 정보를 얻지 못할때가 있습니다. 보통  Trypsin 대용으로 Gluc 혹은 Chymotrypsin을 사용하여 왔는데  이 rAsp-N도 분석서비스에 적용하면 좋을것 같았습니다.  학회를 돌아온후 얼마지나지 않아 주문하여 간단히 실험을 해보았습니다.

 

• Sample: Acetylated BSA (Sigma-Aldrich. B2518)
• Enzyme: rAsp-N (Promega, VA1160)
• Instrument: UltiMate™ 3000 RSLC coupled to Q-Exactive HFX
• DB search: Proteome Discoverer 2.3

아래 크로마토그램은 Trypsin (위)와 rAsp-N (아래) 으로 처리한 acetylated BSA의 Base-peak chromatogram입니다.

예상과 같이, 생성되는 peptide의 길이가 다르기 때문에 두 크로마토그램은 서로 다른 패턴으로 보여집니다.

 

 

Figure 1. Base-peak chromatograms of acetylated BSA with trypsin (up) and  rAsp-N (bottom)

 

얻어진 raw 파일을 Proteome discoverer 2.3에서 Asp-N "Full" 과 "Semi" 로 각각 검색하였습니다. 앞에서 설명한것과 유사하게 (바로가기), rAsp-N 에서도 "Semi" 로 검색시 더 높은 98% sequence coverage를 얻었습니다. 

 

 

Figurer 2.  BSA sequence coverage with rAsp-N full (48% sequence coverage)

 

Figurer 3.  BSA sequence coverage with rAsp-N semi (98% sequence coverage)

 

Trypsin에 비해서 고가이어서 자주 사용하지는 못할것 같지만 특정한 단백질 분석에 사용이 가능할것같다.

 

 

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