Dynamic exclusion time은 complex 시료에서 최대한 많은 펩타이드를 검출하기 위해 설정하는 파마미터입니다. Intensity가 높은 펩타이드가 존재할 경우 이 펩타이드만 계속적으로 검출이되어 주위에 낮은 intensty를 가지는 펩타이드가 검출이 되지 않는것을 방지하기 위함입니다. Dynamic exclusion time은 보통 LC peak의 넓이에 따라 조절 합니다. 일반적으로 30~60초 정도를 설정합니다. 이렇게 하면 일반 nano LC에서 피크 한개당 보통 한번 혹은 두번정도 MS/MS를 수행하게 됩니다. 하지만 단일 혹은 몇개의 펩타이드를 Data-dependent acquisition 으로 분석할때는 dynamic exclusion time을 짧게 해서 분석합니다. 이 경우 적은 수의 펩타이드들이 여러번의 MS/MS가 수행됩니다.
서로 다른 Intensity 를 가지는 펩타이드를 1, 5, 10, 20, 30초 Dynamic exclusion time를 설정하고 분석해보았습니다.
아래는 Base-Peak Chromatogram 입니다.
아래는 각 펩타이드에 대해 서로다른 dynamic exclusion time 에서의 MS/MS XIC 입니다.
Dynamic exclusion time이 늘어날수도 MS/MS 되는 횟수도 줄어듭니다. 특히 intensity 가 낮은 펩타이드 B의 경우 20초, 30초 에서는 한 번씩만 MS/MS가 수행되었습니다. 즉 몇개 안되는 펩타이드의 경우 dynamic exclusion time 을 줄이는것이 좋습니다. 아래와 같이 해당 펩타이드의 MS/MS 크로마토그램에 해당하는 부븐을 드래그 하여 MS/MS 된 스펙트럼의 합으로 보여지게 할 수 있습니다
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