Large-scale TMT 정량분석에 있어서 MS2와 MS3 분석법 비교

앞에 글에서 TMT 정량분석에 있어서 MS2와 MS3에 대한  내용이 있습니다. 이번에는 Large-scale로 준비한 시료를 이용하여 비교해보았습니다.

 

 

3가지의 서로 다른 조건과 각 조건별 3개의 biological replicates를 가지는 cell lysate를 이용하여 실험을 하였습니다.

10-plex TMT로 labeling을 한후 stage-tip hPRP로 7 fraction을 얻었습니다.   Q-Exactive HFX로  MS2를 Orbitrap Fusion2로 MS3 를 수행하였습니다.  각 분획은 2시간 LC gradient를 사용하였습니다.  검출결과는 Proteome discoverer 2.4로 분석하였습니다. 

 

 

 

 

Comparision of Protein and Peptide #

 

아래 그래는 각각의 분석법에서 검출한 단백질과 펩타이드 수입니다. 예상대로 MS3가 MS2 방법에 비해서 적은 수의 단백질과 펩타이드를 검출하였습니다. 하지만 크게 나쁘지는 않습니다.

 

Comparision of PSMs and MS/MS #

PSMs 과 MS/MS 수에 대한 비교 그래프는 아래와 갔습니다. 

 

Comparision of Protein Ratio

얻어진 결과중에서 대표적으로 몇개의 단백질을 골라서 그들의 expression ration를 비교해보았습니다.

아래는 2개의 서로 다른 단백질이 3가지 조건에서 MS2와 MS3에서 어떤 비율로 검출되었는지 보여줍니다. MS3에서 상대적인 변화율이 크게 보입니다. 

 

MS2와 MS3를 비교해보았을때 검출된 단백질 및 펩타이드의 수에서는 MS3가 낮은 효율을 보입니다. 두개가 서로 다른 장비에서 분석되었기 때문에 장비에서 오는 차이가 있을수 있습니다.  하지만 정량분석에서 중요한 정량성은 MS3가 훨씬 좋은 결과를 보였습니다.   

 

 

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