Orbitrap Fusion의 Intensity Thresold값에 따른 Yeast Protein digestions의 단백질/펩타이드 검출수 비교

펩타이드 검출에 있어서 Intensity Thresold 값이 어떻게 영향을 주는지 BSA 를 통해 살펴보았습니다.

이번에는 보다 complex한 yeast protein digest 를 이용하여 단백질 과 펩타이드의 수가 어떻게 달라지는지 테스트해보았습니다..또한 두개의 서로 다른 양 (10ng 과 100ng)에서의 차이점도 알아보았습니다. 5가지의 서로 다른 intensity thresold값 ( 5E3, 1E4, 5E4, 1E5, 5E5) 에서 10ng, 100ng Yeast protein digest를 각각 분석하였습니다.

아래 그래프는 100ng에서 검출된 단백질 및 펩타이드 수에 대한 비교입니다. 5E3에서 5E4까지는 큰 변화가 없지만 5E5에서 상당히 줄어듭니다. 많은 펩타이드의 intensity가 5E5이하의 값을 가져서 DDA에서 fragmentation이 되지 않았던것 같습니다.

아래 그래프는 10배 적은 양인 10ng에서 검출된 단백질 및 펩타이드 수에 대한 비교입니다. 5E3에서 1E4까지는 큰 변화가 없지만 5E4에서 부터 점점 줄어듭니다. 100 ng 시료에 비해 상대적으로 intensity가 낮기 때문에 Intensity Thresold값에 영향을 더 많이 받는 것 같습니다.

결과로 봐서는 그냥 default 값인 5E3 정도에서 사용하는것이 좋을것같습니다. 물론 아주 많은 양을 주입하게 된다면 Intensity Thresold값을 조금더 증가 시켜도 될것 같습니다.

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