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ETD는 일반적을 bottom-up 분석에는 잘 사용하지 않습니다. 특정한 용도로만 쓰이는 경우가 많습니다. ETD에서의 발생하는 단점들을 보완할수 있는 EThcD도 여러 특정한 용도로 사용되고 있습니다. 하지만 기술적으로는 일반 단백질분석에 있어서 검출수를 고려하면 HCD 에 비해서 효율이 떨어질것이라 생각됩니다. 질량분석기가 ETD를 수행하기 위해서는 HCD보다는 많은 시간을 할애해야 합니다.
검출수에 있어서 대략 어느정도 차이가 나는지 확인해보았습니다. 100ng Yeast digest standards를 이용하여 HCD와 EThCD (Supplemental activation 15 and 25)에서의 단백질과 펩타이드 수를 비교해보았습니다.
아래 그래프에서 보듯이 예상대로 EThcD의 검출수는 HCD에서 비해서 현저히 떨어집니다. 물론 ETD 상태가 좋지 않았을수도 있습니다.
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