Comparison of BSA HCD, ETD, and EThCD Spectrum

Orbitrap Fusion  장비에 ETD 가 설치되어 있지만 활용도가 많이 낮은것 같습니다.  HCD의 효율성이 매우 좋아서 인지 ETD는 잘 사용하지 않고 있습니다.  대부분의 실험은 HCD로 충분한 경우가 많습니다. 특별한 경우에는 ETD 가 필수적으로 사용된다고 하지만  그런 경우가 거의 없는것 같습니다.

 

ETD 의 경우 종종 효율성이 낮을때가 있습니다.  Precursor ion이 충분히 fragment 되지 않아서  ETD MS2에서 충분한 정보를 얻지 못할 때도 있습니다.  이러한 점을 개선하고자 EThCD가 나왔습니다.  아래에서와 같이 ETD에서 Supplemental Activation 를 추가하여 EThcD 를 수행할수 있습니다. 즉 ETD만으로  Precursor ion이 충분히 fragmentation이 되지 않는것을 추가적인 Collision Energy 를 통해 fragmentation을 도와줍니다.

아래는 Orbitrap Fusion에서 EThcD를 설정하는 Parameter입니다.

 

 

 

아래는 BSA의 대표적인 펩타이드인 LVNELTEFAK(582.3192.,2+) 의 HCD, ETD, EThcD MS2 스펙트럼입니다. m/z 582.3192 를  PRM 방법을 이용하여 HCD, ETD, EThcD로 각각 분석하였습니다. 

 

HCD에서 y ion 시리즈가 잘 검출되었습니다.  하지만 ETD에서는 fragment ion이 거의 나오지 않았습니다.  예상대로 Precursor ion이 크게 보입니다. 아마 자주 사용하지 않아서 ETD에 대한 조건이 최적화 되지 않았기 때문일 수도 있습니다. 하지만 EThcD에서는  HCD에 해당하는 y ion과  ETD에 해당하는 z ion이 골고루 잘 검출되었습니다. HCD 보다는 더 많은 fragment ion이 검출되었습니다. 물론 fragment ion들이 더 많다고 해서 항상 더 좋은 결과를 얻는것은 아닙니다.  하지만 특정한 펩타이드에 따라 HCD에서는 얻을수 없는 정보를  EThcD 를 통해 얻을수 있을것 같습니다.

 

 

 

 

 

 

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