TMT MS2 와 MS3 방법에서의 단백질 검출수 비교

이전 글에서 TMT분석에 있어서 MS2 분석법이 가져 올수 있는 ratio suppression에 대해서 이야기를 하였습니다.  이러한 이유로 MS3 방법을 종종 사용합니다.  하지만 MS3 분석법을 꺼리는것 중 하나가 아마 상대적으로 검출되는 단백질의 수가 적기 때문이 아닐까 합니다.이론적으로도 MS2한번만으로 얻는결과와 MS2-MS3를 수행해서 얻는 결과에서는 검출되는 단백질의 수에 차이가 있을수 밖에 없을 것 같습니다. 물론 더 많은 분획을 하는등 추가적인 과정을 거친다면 MS2와 유사한 수의 단백질을 검출할수 있을 것입니다.

 

이번에는 단순히 TMT가 labeling이 되지 않은  Yeast protein digests standard를 이용하여 TMT MS2 와 TMT MS2-MS3방법으로 분석한후 검출되는 단백질의 수의 차이를 비교해보았습니다. 이것은 순수하게  TMT MS2 와 TMT MS2-MS3 방법에서 발생하는 단백질 검출수를 비교할수 있을것 같았습니다. 

 

아래는 100 ng Yeast digestion을 TMT에서 사용하는 MS2 방법과 MS2-MS3 방법 으로 각각 분석하여 검색한 결과입니다. Orbitrap Fusion으로 1hr gradient를 사용하여 분석하였습니다. 예상대로 MS3방법에서 약간 더 낮은 수의 단백질 검출수를 보였습니다.  하지만 이 정도의 차이는 시료주입양의 증가, 더 긴 LC gradients,  더 많은 분획등으로 보충할수 있을 것이라 생각합니다. 

 

 

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