10-Plex TMT로 Phosphopeptides 검출에 있어서 Sequest HT 와 MS Amanda 2.0 비교

10-plex TMT를 이용하여 phosphopeptide의 정량분석에 있어서 Sequest HT 와 MS Amanda 2.0을 비교해보았습니다.

보통 개발자들이 산출한 결과를 잘 믿지 않고 실제 분석시료로 직접 결과를 내어서 확인을 하는 편입니다.

 

이전에 분석서비스에 사용했던 결과를 사용하였습니다. 10-Plex TMT가 labeling 시료를 TiO2와 Ti-IMAC으로 Phosphopeptide를 회수하여 얻은 결과입니다.

 

Proteome Discoverer 2.4에서 Sequest HT, MS Amanda 2.0 그리고 Sequest HT+MS Anandma 2.0 으로 각각 

분석하였습니다.

 

아래는 각각에서 검출된 전체 단백질, 전체 펩타이드, 그리고 인산화 펩타이드 수를 비교한 그래프입니다.

검출된 수를 비교하면 SEQUEST HT에서 약간 더 많이 검출되었습니다. 두개를 동시에 검출했을때 인산회 펩타이드의 수가 크게 증가하지는 않았습니다.

 

 

아래 벤다이어그램에서 보듯이 SEQUEST HT에서 대부분 검출이 되었습니다. MS Amanda 2.0에서 추가로 검출된 수는 미비합니다.

 

 

 

 

 

관련글

Stage-tip hpRP fractionation of phosphopeptidesIP 시료등 단일 단백질에서 Phosphopeptides 검출시 TiO2 enrichment 사용여부

Large-scale TMT 정량분석에 있어서 MS2와 MS3 분석법 비교

TMT MS2 와 MS3 방법에서의 단백질 검출수 비교

TMT 정량분석에서 Proteome Discoverer의 Co-isolation threshold 값의 효과

10-Plex TMT로 Phosphopeptides 검출에 있어서 Sequest HT 와 MS Amanda 2.0 비교

10-plex TMT SPS MS3 분석을 위한 Orbitrap Fusion Method

TMT 정량의 분석에서의 SPS MS3 방법은 진짜 좋은가?

TMT 정량의 분석에서의 SPS MS3 방법은 진짜 좋은가?

10-Plex TMT 에 100 µg이상의 단백질 Labeling 하기 (400 µg까지 확인)

10-Plex TMT 에 100 µg이상의 단백질 Labeling 하기 (400 µg까지 확인)

Phosphopeptide 분석을 위한 TiO2 와 Zr-IMAC beads 비교