AttractSPE Disk Bio C18 을 이용하여 high-pH RP stage-tip로 펩타이드 분획하기

앞의 글에서 AttractSPE Disk Bio C18의 효율성을 테스트해 보았습니다. 이번에는 이 C18 materials을 이용하여 간단한 방법으로 소량의 펩타이드를 분획후 단백질/펩타이의 검출수를 증가시켜 보았습니다. 이전의 방법으로 C18 Disk 의 materials을 200 ul 파이펫 팁에 충전시켰습니다.

아래 그림과 같이 293T cell lysate 펩타이드를 이용하여 7개로 분획하였습니다. 또한 분획하지 않은 결과와 비교하였습니다.

아래는 분획하지 않은 2 µg 시료는 3번 분석한 크로마토그램입니다.

아래는 10 µg 을 두번 분획후 각각 절반 ( 5 µg on-column)을 질량분석기로 분석한 크로마토그램입니다. 두 번의 분획후 분석한 크로마토그램이 거의 동일한 패턴으로 검출되었습니다.

두번의 반복 분획에서 얻어진 단백질과 펩타이드 수에 대한 벤다이어 그램입니다. 단백질의 경우 95 %, 펩타이드의 경우 89.5% 가 겹칩니다.

두 번의 반복 실험에서 검출된 단백질 abundance에 대한 boxplot 입니다.

마지막으로 분획을 하지 않은 실험과의 단백질/펩타이드 검출수의 비교입니다. 분획후 검출된 단백질의 수는 약 1.6배, 펩타이드의 수는 약 2배 정도 증가하였습니다.

이 테스트를 통해서 AttractSPE Disk Bio C18를 충진한 컬럼을 이용하여 소량의 시료를 간단한 분획으로 많은 양의 단백질/펩타이드를 얻을수 있습니다.

AttractSPE Disk Bio C18 를 이용한 펩타이드 정제 (Peptide clean-up)

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