Pierce™ Top 12 Abundant Protein Depletion Spin Columns 으로 혈액 단백질 검출하기

혈액 단백질 분석에 있어서 Albumin과 같은 high-abundant proteins을 제거하는 방법이 여러가지가 있습니다. 한때 Agilent 의 Multiple Affinity Removal Column (MARC) 을 사용했었습니다.  요즘은 혈액 단백질 분석을 잘 하지 않아서 잘모르겠으나 가끔씩 혈액단백질 시료 분석 의뢰가 요청이 받습니다. 하지만 몇가지 이유로 Depletion 절차는 분석서비스로 제공하지 않습니다.  보통 depletion하지 않은 시료를 바로 분석합니다. 의뢰자들에게 이점을 알립니다. 검출되는 단백질은 high abundant proteins을 포함하여 약 250~300개의 단백질이 검출됩니다.  혹시 간편하게 depletion을 할수 있는 방법이 있는지 찾는중에 Pierce™ Top 12 Abundant Protein Depletion Spin Columns을 테스트 해보기로 하였습니다.

 

실험절차는 메뉴얼대로 진행하였는데 아주 간단했습니다.  아래는 SDS-PAGE 이미지입니다. 아래 결과에 보듯이 중간의 high-abudant protein이 어느정도 제거되었습니다. 하지만 완전하게 제거되지는 않은것 같습니다.  위쪽부분에서는 새로운 밴드들이 보입니다. 조금 더 연습을 하면 더 좋은 결과를 얻을수 있을것 같습니다. 

 

 

 

Depleted plasma를 High-pH RP 컬럼(stage-tip)으로 4개로 분획한후 LC-MS/MS (1hr gradient)로 분석하였습니다. 

 

 

아래는 4개의 분획에 대한 Chromatograms입니다

 

 

검색결과 약 700개의 단백질이 검출되었습니다 (Download)

High abundant proteins도 많이 검출되었지만 Depletion을 하지 않으면 잘 검출되지 않는 low abundant 단백질도 상당히 검출되었습니다 (1% Peptide FDR).  결과를 조금더 자세히 보면 많은 단백질들이 1개의 펩타이드로 검출이 되었습니다. 이러한 low abundant 단백질들은 신뢰성이 낮기 때문에 실제로 검출이 된것인지 false-positve 결과인지 분간하기가 어렵습니다. 분획된 시료를 여러번 분석하여 최대한 2개의 unique peptide로 검출이 되어야 될듯합니다. 

 

 

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