질량분석기를 이용하여 혼합시료에서 적은수의 펩타이드를 선택적으로 정량분석하는데 있어서는 PRM 방식이 가장 효율적인고 감도가 좋습니다. 동일한 시료를 이용하여 DIA로 정량분석을 한후 PRM 결과와 비교분석을 해보았습니다. 몇가지의 Target 펩타이드를 정량분석하는 분석의뢰가 들어왔을때 기존의 DIA 방법으로 진행해도 되는지 확인해보고 싶었습니다. DIA 결과는 다른 펩타이드의 정보도 함께 포함되기 때문에 차후에 다른 용도로도 사용될수 있기 때문입니다.
테스트를 위해서 293T cell lysate 시료 1 µg당 Ovalbumin 을 2.5, 50, 100ng으로 혼합하여 분석하였습니다. PRM의 경우 먼저 unscheduled PRM을 수행한후 scheduled PRM 으로 분석하였습니다. 대표적인 6개 펩타이드를 선정하였습니다.
DIA 의 경우 m/z 400-1000 구간에서 20 m/z isolation window (30 windows)로 분석하였습니다.
PRM 분석결과
아래는 PRM을 통해 얻어진 각 펩타이드의 상대적인 양을 보여주는 그래프입니다. 이론적인 값이 2.5, 50, 100ng에 근접하는 상대값으로 검출되었습니다.
DIA 분석결과
DIA의 경우 선택적으로 펩타이드를 검출하지 않습니다. 얻어진 Raw 파일을 Spectronaunt 로 분석하였습니다.
아래는 검출된 Ovalbumin 펩타이드의 정량분석값 테이블입니다. 노란색으로 표시된것은 missing value입니다. 만약 missing value가 포함된 것을 제외하면 2개의 펩타이드만이 남습니다. 아래는 Missing value를 제외하였을때와 포함시켰을때의 Ovalbumin의 정량값을 나타냅니다. 상대적인 정량값의 비율에는 크게 변화가 없습니다.
결론
PRM을 통해 6개의 ovalbumin 펩타이드를 missing value없이 검출하였습니다. 하지만 DIA의 경우 검출에 있어서 제한이 있었습니다.
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