분류 전체보기540 체스터필드 최고의 인생 어른의 성숙함을 가진 분들을 보면 참 멋지다는 생각을 합니다. 그분들의 대화나 행동속에서 자연스러운 성숙함을 볼 수 있습니다. 아마 성장하면서 자연스럽게 배운 행동들이 저절도 우러나오는것이 겠지요. 나이가 든다고 자연스럽게 성숙되는것 아님을 압니다. 사실 아주 어른스러운 동년배를 보면 부담스럽기 조차 합니다. 가벼운 내가 같이 대화하기에는 어딘가 불편함이 있습니다. 필리 채스필드 경이 적은 최고의 인생은 어른들이 가져야할 덕목을 잘 가르쳐주고 있습니다. 물론18세기 시대가 반영된것이지만 지금의 어른들도 꼭 알아야 할 내용들입니다. 물론 책의 내용은 우리가 익히 배운 내용입니다. 하지만 내가 그렇게 살고 있는가라는 질문을 하게 됩니다. 삶의 중요한것들이 있는것을 아는것과 내가 그렇게 사는것은 다릅니다. 내.. 2023. 11. 23. Intact Protein PRM Analysis (Top-down) 이미 알고 있는 단백질을 분석할 경우 좋은 MS2 스펙트럼을 얻기 위해서 PRM을 수행할수 있습니다. 정제된 단백질의 경우 PRM 통해 재확인이 가능합니다. 이렇게 얻은 좋은 MS2 스펙트럼으로 검색이 가능하다면 단백질 검증에 도움이 될수 있습니다. Pierce Intact Protein standard 에서 약 21kDa의 Protein G를 선택적을 분석해보았습니다. 아래는 Protein G의 MS1 Spectrum입니다. Peak들중에서 m/z 975.6356 (z=22)을 선택하여 PRM을 수행합니다. PRM 셋팅은 Bottom-up방법과 동일합니다. 아래는 BPC와 XIC에 해당하는 크로마토그램입니다. 아래와 같이 PRM을 통해서 좋은 MS2 스펙트럼을 얻었습니다. Proteome Discove.. 2023. 11. 13. Top-down으로 분자량이 적은 단백질 분석하기, Ubiquitin(~8.5kDa) 분자량이 아주 작은 단백질의 경우 Top-down 방식으로 분석이 아주 잘되는것 같습니다. 8kDa 조금 넘은 Ubiquitin의 경우 앞의 글에서 적은 방식으로 분석했을때 아주 높은 Sequence Coverage로 검출이 됩니다. Ubiquitin from bovine erythrocytes BioUltra (sigmaaldrich.com) 아래는 Obitrap Eclipse의 intact protein mode에서 EThCD로 분석한 결과입니다. Top-down 용 EasySpray column(ES907)을 이용시 약 20ng의 Uqiuitin이 사용되었습니다. PD3.1과 ProSight4.3으로 검색후 얻어진 Sequence Coverge map입니다. EThcD로 얻어진 MS2 matchin.. 2023. 11. 12. Top-Down Proteomics Top-down proteomics 를 시작해볼까 구상중입니다. Bottom-up Proteomics처럼 Complex 시료는 분석할수 없겠지만 몇개의 정제된 단백질의 경우 Top-Down Proteomics로 분석할수 있을듯합니다. 연구소에서도 요청이 들어오고 있습니다. 10월에 시카고에서 열렸던 Top-Down Proteomics Workshop을 다녀온후 조금씩 시도를 해보고 있습니다. 아래 프로토콜 처음시작하는 사람들에게 아주 좋은것 같습니다. Self-packing PLRP-S Column and NRTDP Standards 프로토콜에 나온 PLRP-S resin Agilent에서 구매한후 Self-packing 컬럼을 만들었습니다. Standard 시료도 논문에 있는것과 같이 준비하였습니다. .. 2023. 10. 28. Skybridge, Michigan (주말 단풍구경) 2023. 10. 23. Proteome Discoverer 3.1 and CHIMERYS 2.0 (Phosphopeptides) 이번에 Proteome Discoverer(PD)3.1과 CHIMERYS 2.0이 같이 출시가 되었습니다. PD의 경우 3.0과 3.1을 비교하면 아직까지 특별히 큰 차이점은 없는것 같습니다. 하지만 CHIMERYS 2.0이 PD 3.1과 연동되어 좋은 성능을 보입니다. CHIMERYS 1.0에서는 PTM 옵션이 제한적이 었습니다. 하지만 CHIMERYS 2.0에서는 phosphorylation ( S,T,Y)분석이 가능합니다. 동일한 한개의 파일을 이용해서 PD3.0과 PD3.1로 분석한 Phosphopeptide 분석 결과입니다. 기존의 비해서 약 50%가 증가하였습니다. 2023. 10. 14. 이전 1 ··· 6 7 8 9 10 11 12 ··· 90 다음
