'분류 전체보기' 카테고리의 글 목록 (90 Page)
본문 바로가기

분류 전체보기537

LC Gradient 길이에 따라 검출되는 단백질의 수는 얼마나 차이가 나는가? "LC Gradient를 증가시키면 얼마만큼의 단백질을 더 검출할수 있을까?" 분석의뢰자로부터 자주 듣는 질문중 하나는 " 몇개의 단백질이 검출되느냐" 입니다. 네이쳐나 기타 좋은 논문에서 봤던 엄청난 수의 단백질을 사뭇 기대하고 묻는 질문일 경우가 많습니다. 하지만 검출될수 있는 수는 sample type, complexity 등에 따라 천차만별입니다. 검출되는 단백질의 수는 다른 모든 조건이 동일하다면 특정 시간에 LC에서 용리된 펩타이드들이 질량분석기에서 얼마나 많이 측정될수 있는가에 많이 의존합니다. 물론 질량분석기의 감도가 좋거나 아주 최적화된 조건에서는 더 많이 검출하지만 질량분석기를 매번 바꿀수도 없고 조건도 매번 바꾸지 않습니다. 그래서 LC gradient 시간을 증가시키면 검출되는 펩타.. 2020. 4. 4.
질량분석기로 단백질-단백질 상호작용 검출 (Protein-Protein interaction analysis)하기 질량분석기는 아마 특정 단백질에 상호작용하여 결합하는 단백질을 찾아내는데 있어서 가장 적합한 장비일것입니다. 최근의 질량분석기는 높은 감도와 검출속도의 덕분에 이전에 비해 훨등히 많은 단백질을 검출해 낼 수 있습니다. 하지만 이 단백질-단백질 상호작용의 분석 실험에서 주의 해야할 사항인 비특이적( Non-specific bound proteins)으로 결합하는 단백질을 최소화 하는것입니다. 이것은 질량분석기로 검출하기전 실험단계 즉 IP/Pull-down 과정에서 이루어 져야합니다. 하지만 이러한 비특이적인 결합은 완전이 제외시킬수는 없습니다. 즉 질량분석기로 분석을 하여 얻은 단백질에는 이러한 비특이적인 단백질이 포함되어 있기 마련입니다. 종종 질량분석기에서 검출된 모든 단백질을 특이적 단백질이라 생각.. 2020. 4. 3.
Immunoprecipitation 이후 질량분석을 위한 시료 전처리 방법 (Sample preparation of IP elution for MS analysis) IP이후 단백질 분석을 위해서는 얼마만큼의 양이 필요한가? (Co)-Immunoprecipitation (IP) 혹은 Pull-down 이후 질량분기를 통한 단백질 분석은 특정 단백질을 검출하는 방법중 가장 감도가 높은것중에 하나입니다. 이 실험의 성공여부는 질량분석전 특정 단백질을 얼마나 순수하게 잘 정제하느냐가 관건입니다. 이 부분은 IP/Pull-down을 수행하는 사람이 최적화를 할 수 밖에 없습니다. 이 이후 질량분석기로 분석하기 전에 가장 많이 받는 질문이 " 필요한 양" 입니다. 간단히 말하자면 "많을 수록 좋다(The more, the better)" 입니다. 하지만 의뢰자는 보다 정확하게 알기를 원합니다. 그러나 IP 수행후 Elution buffer 안의 단백질 양을 정확히 알기가 어렵.. 2020. 4. 2.