분류 전체보기533 Spike-in Proteins for quantitative proteomics (Ovalbumin) Human species 시료에 대한 Spike-in Ovalbumin Spike-in 단백질은 분석할 시료의 수가 많은 정량분석에서 유용하게 사용됩니다. 각각의 시료 전처리에 대한 재현성 여부, 각 시료분석 과정에서의 이상여부 확인, 분석후 통계처리시 표준화 (normalization)등에 사용할수 있습니다. 최근 PRM 혹은 DIA등을 이용한 대량의 정량분석법이 널리 이용됨에 따라 정량분석의 정확도 여부가 중요한 요소가 되고 있습니다. 분석의뢰자의 시료의 종은 대부분의 인간유래 종 (Homo Sapiens) 입니다. 그래서 Human 시료에 spiking 할수 있는 적절한 단백질을 찾아 테스트 해보았습니다. 아래 단백질은 대표적으로 human samples에 사용될수 있는 spike-in 단백질입니다.. 2020. 4. 11. PicoSure Test Standard Equimolar mixture of 7 synthetic peptides 시료를 분석하다 보면 결과 생각만큼 좋지 않을때가 있다. 가끔씩은 Background 크로마토그램만 나올 때가 있어서 당황스럽니다. 이럴때는 분석의뢰자들에게 결과를 보여주기가 망설여지기까지 한다. 특별히 장비의 이상이 있었다면 모를까 이유를 알수 없을때는 더 그렇다. 시료 자체의 문제라고 말하면 의뢰자로써는 수긍하기가 어렵고 오히려 기분이 나쁠수가 있기 때문이다. 처음부터 양이 적은 시료 (특히 매우 옅은 진하기의In-gel band) 의 경우 이런 일들이 자주 발생한다. 만약 분석전처리 및 장비의 이상이 없었다는것을 보여줄수있는 데이타가 있으면 대화하기가 수훨해질것이며 필요하지 않는 죄책감을 느낄필요도 없다. 이를 위해서 보통 두가지 방법을 사용한다 1) Trypsin Autolysis Products.. 2020. 4. 10. Byonic™ 와 Proteome Discover의 결합으로 검출단 펩타이드수 증가시키는 방법 분석의뢰자의 시료를 분석하는 입장에서는 아무래도 최대한 많은 단백질 혹은 펩타이드를 검출하고 싶다. 물론 동일한 실험을 반복하던지 사전 분획을 많이 하여 분석하면 검출되는 수는 증가될것이다. 하지만 제한된 시간에서 특별한 노력을 들이지 않고 그 수를 증가 시킬수 있으면 일석이조의 효과를 얻을수 있을 것이다. HUPO와 ASMS 학회의 부스에서 보아왔던 Byonic™ 검색프로그램을 30일 trial로 다운로드 받아서 간단히 테스트 해보았다. Byonic™ 자체를 설치해서 검색할 수 있다. 하지만 현재 2개의 Proteome Discoverer 2.3 라이센스가 있기 때문에 Sequest HT에서 찾지 못하는 단백질/펩타이드를 Byonic이 얼마나 많이 찾을수 있는지가 더 궁금했다. 그래서 Byonic를 P.. 2020. 4. 9. ProteinProspector 를 이용한 특정 Enzyme에 대한 단백질의 예상 절단 펩타이드 확인하는 법 ProteinProspector IP 시료등 단일 표적 단백질의 분석을 진행하기 전에 반드시 거쳐야 할 과정은 적절한 enzyme 을 찾는것이다. 일단적인 단백질 동정분석에서는 trypsin이 큰 문제가 없으나 특별한 분석이 요하는 경우 trypsin이 적절치 않을때가 있다. 1) Protein N-terminal peptide의 PTM 여부 (e.g acetylation) 2)특정 염기의 PTM 여부 3)여러개의 Isoform 단백질을 구별하기 위한 특정 sequence 분석 이런 분석을 위해서는 다른 sequece 검출여부와는 상관없이 원하는 sequence를 질량분석기로 검출해야 된다. 질량분석에 원하는 영역이 적절한 길이 (8~20 염기)의 펩타이드가 생성되는지 확인할때 이 툴이 아주 유용하게 사.. 2020. 4. 9. 장비상태 확인을 위해 Standard BSA를 이용한 Unscheduled PRM 분석법 일반적으로 장비상태 점검을 위한 BSA 분석은 Data Dependent Acquisition (DDA) 방법을 이용합니다. 이를 통해 검출가능한 모든 펩타이드를 검출하고 이에 따라 BSA의 Sequence coverage 및 검출된 펩타이드를 점검합니다. 하지만 DDA의 경우 종종 연속적인 분석에 있어서 bias가 있을 수 있습니다. 즉 상대적으로 낮은 피크의 경우 반복적인 실험에서 일괄적으로 나오지 않을수 있기 때문입니다. (하지만 장비상태를 점검하는데는 아무런 문제는 없습니다) Parallel reaction monitoring(PRM)은 특정한 펩타이드만을 연속적으로 측정하기 때문에 bias가 적어 반복실험에서 일괄적인 결과를 도출할 수 있습니다. 이로 인해 장비의 감도를 보다 정확히 추적할 수 .. 2020. 4. 8. Pierce™ HeLa Protein Digest Standard (P/N 88329)로 장비상태 확인하는 방법 앞에서 이야기했듯이 장비의 상태를 점검하는데 단일 단백질인 BSA standard가 가장 널리 사용된다. 하지만 BSA는 단일 단백질이기 때문에 장비의 감도가 약간 좋지 않아도 여전히 좋은 결과를 얻을때가 있다. Complex 한 시료분석을 통해 검출되는 단백질수/펩타이드 수를 통해 장비의 감도를 확인할수있다. 또한 실제 complex한 시료를 분석하기 전에 LC gradient 를 최적화 할 수 있다. 이를 목적으로 Pierce™ HeLa Protein Digest Standard 를 사용하고 있는데 보통 아래의 경우에 사용한다. 1)새로운 장비를 설치 한후 2)LC troubleshooting후 확인 3)질량분석기 내부 청소후 4)Complex 분석시료 분석전 최적화 5)많은 시료수를 장기간 분석시 .. 2020. 4. 7. 이전 1 ··· 84 85 86 87 88 89 다음
