DSSO crosslinking 펩타이드 분석을 위한 Proteome Discoverer- XlinkX 검색 설정방법

DSSO Crosslinking 펩타이드를 Orbitrap Fusion에서 MS3 방법으로 얻은 데이타를 Prteome Discoverer 에서 검색하기 위한 workflow입니다.

 

Process Workflow

Process workflow의 전체적인 절차는 아래와 같습니다. 

 

 

DSSO로 반응시킨 시료에는 DSSO가 결합된 펩타이드와 함께 결합되지 않은 일반 펩타이드가 존재합니다. 그래서 검색시 이 두 가지 펩타이드를 모두 검출하는 workflow가 필요합니다.  앞 단계는 동일하지만 XlinkX detector에서 Use MS(n-1) with Parent Precursor로 설정합니다 Crosslink Modification은 DSS/+158.005 Da를 설정합니다.

 

Xlinxk Filter 에서는 crosslinks와 Peptides를 설정할수 있습니다.

 

Peptides를 설정한 workflow에서는 바로 Sequest로 검색합니다. Dynamic modification에 3가지의 서로 다른 DSSO modification form이 있습니다. 아마 이것은 quenching시 무엇을 사용하느냐에 따라 다르게 설정하는것 같습니다.

이 부분은 정확히 몰라서 3가지 모두 입력하였습니다. 

 

 

Crosslinks로 설정했을 경우 Xlinkx Search 를 통해 검색합니다. 아래는 설정 파라미터인데 Sequest에서와 유사합니다.

 

 

그리고 Xlinkx validation을 수행합니다.  아래는 default 값입니다.

 

 

Consensus Workflow

Consensus Workflow를 아래와 같습니다. 

 다른 workflow와 특별히 다르지 않고 Xlinkx Crosslink Grouping이 포함됩니다. 아래는 default 값입니다.

 

 

일단 이렇게 간략히 이렇게 시작해서 실험목적에 따라 최적화 하면 될것같습니다.

 

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