Thermo Scientific 사의 LC-MS를 구매하면 Cytochrome C digest가 항상 같이 옵니다. 보통 HPLC를 설치후 시스템이 잘 설치되고 이상이 없는지 확인하는데 사용됩니다
Cytochrome C digest를 분석하는중 실수로 blank run으로 분석을 했습니다. 둘다 짧은 LC gradient를 사용해서 method가 잘못되었는지 몰랐습니다.
종종 Blank run시 negative mode를 사용합니다. Positive mode에서 이동하지 못하던 이온들이 장비안에 붙어 있는 경우가 있습니다. 이때 negative mode로 일정시간 두면 이러한 이온들이 떨어져 나가게 됩니다. Charging로 인해 감도가 떨어질때 Positive 와 negative 를 번갈아 가면서 두게 되면 감도가 살아나는 경우가 있습니다.
Remove contaminant ions with a Negative mode (Charing effect)
Remove contaminant ions with a Negative mode (Charing effect)
프로테오믹스에서 펩타이드 분석은 대부분 positive ion모드에서 사용합니다. Positive ion mode에서는 positive ion들만이 질량분석기 내부를 거쳐서 검출기까지 도달하게 됩니다. 이때 positive 가 아닌 nega
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처음에 보지 못하던 peak들이 나와서 시료를 잘못 주입한줄 알았습니다. 아니면 Single charge가 높게 나와서 컬럼에 있던 Contaminant peak 들이 나왔을것이라 생각하고 다시 분석을 했지만 결과는 같았습니다.
결국 negative mode로 분석이 된것을 알았습니다. 아주 오래전에 Phospopeptide 시료를 negative mode로 분석하던 시절이 있었습니다. 그 당시는 negative mode 결과가 아주 좋지 않았던 걸로 기억합니다. 현재 Negative mode가 이렇게 잘 나올줄 몰랐네요. 원래 요즘 장비에서는 negative mode에서 잘나오는건지 아니면 Orbitrap Eclipse에서 향상이 된건지 모르겠네요.
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