Proteome Discoverer 2.5와 MaxQuant 프로그램을 간단히 비교해보았습니다. 기존논문에 나온것처럼 철저하게 비교한것은 아니고 대략 어느정도 차이가 나는지 궁금해서 보았습니다. 사실 프로그램별로 장단점이 있기 때문에 단백질수만으로 비교하는건 큰 의미가 없을듯합니다. 또한 프로그램마다 최적화된 방법이 있을수 있습니다. 혹시 차후에 다른 사람들이 물어보면 대략 대답을 해줄정도의 비교는 해보는게 좋을듯합니다.
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Proteome Discoverer vs MaxQuant
이전에 분석한 200ng DDA(60min LC gradient) 와 최근에 테스트한 Pierce QC TKO TMT11 분석결과를 각각 MaxQuant 와 Proteome Discoverer 2.5로 분석해보았습니다.
DDA Comparison
아래는 DDA에서 얻어진 단백질과 펩타이드 수입니다. MaxQuant의 경우 결과 파일에 Contaminant 와 reversed database에서 검출된 결과가 포함되어 있습니다. 그래서 최종 수에서는 이것을 제외시켰습니다. PD2.5에서 약간 더 많이 검출되었습니다.
TMT-11 Quantitation Comparison
최근에 분석한 Pierce QC TKO TMT11에 대한 결과입니다.
Orbitrap Eclipse의 MS3 SPS Real-time search를 활용한 TMT 분석 (TKO TMT 11-plex standard)
MS3 SPS Real time Search 방법으로 얻어진 결과입니다. 여기서도 PD2.5에서 약간 많은 수의 단백질이 검출되었습니다. 검출된 단백질의 수는 아래와 같습니다. PD2.5에서 약간 더 많이 검출이 되었습니다.
아래는 Deletion된 3개의 단백질에 대한 상대적인 정량값비교입니다. 상대적인 정량값은 두 프로그램이 거의 유사한것 같습니다. 정량성면에서는 차이를 보이지 않습니다.
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