전체 글540 TMT 정량의 분석에서의 SPS MS3 방법은 진짜 좋은가? TMT 실험에서 서로 다른 펩타이들의 co-fragmentation은 정량성을 떨어뜨리는 주요 원인중 하나입니다. 이로인해 실제 단백질의 양이 변화된 값과 TMT로 측정된 정량값이 상당히 차이가 날수 있습니다. TMT를 이용하여 실험을 해본 분들을 알겠지만 결과가 매우 재현성 있게 나옵니다. 이것은 실험이 잘되었다기 보다는 cofragmentation에 의해 정량값이 평준화되었기 때문일 경우가 많습니다. Label-free 방법과 비교하면 TMT 정량분석에서 3배 이상 차이나는 단백질의 수가 그다지 많지 않습니다. 이러한 이유로 여러 논문에서 Multi-notch (SPS) MS3 방법이 널리 사용되고 있습니다 (e.g., McAlister et.al., Anal.Chem 2014, 86(14), 715.. 2020. 6. 12. 만화로 보는 고흐의 삶 "고흐" - 바바라 스톡 오래전에 학회로 네덜란드를 간 적이 있다. 그때 미술관에서 고흐의 작품을 봤다. 이름만 들어봤던 "반 고흐"의 작품을 본 것이다. 노란색…. 내가 아는 전부였지만 유명한 사람의 작품을 직접 봤던 뿌듯함이 있었다. 그 후 "고흐, 영혼의 편지"라는 책을 읽었다. 동생 테오와 주고받은 편지로 묶은 책이다. 그 책 속에 고흐의 삶이 어떠했는지 미술에 대해 어떤 생각을 하고 있었는지 조금이나마 알 수 있었다. 이 책은 만화로 되었다. 앉아서 30분 이내로 다 읽을 수 있다. 책의 그림도 아주 재미있고 묘사도 잘 되어 있다. 만화의 색감이 마치 이전에 고흐 박물관에서 그림들의 색감 같다. 간간히 유명한 작품도 만화그림으로 볼 수 있다. 글자가 많이 없어서 고흐의 삶을 깊이 알기는 어렵겠지만 중요한 일생의 한 부분.. 2020. 6. 11. Web-based tool normalize omics data: Normalizer 사용법 Label-free 나 TMT 같은 정량분석후 변화하는 단백질의 양을 검출하기 위해서는 최초에 얻어진 값들을 normalization하는 과정이 꼭 들어갑니다. 그렇지 않으면 시료 전처리과정이나 질량분석과정에서 발생되는 오차로 인해 생기는 단백질 양의 변화를 실제 변화라고 착각하기 쉽니다. 다행히 대부분의 프로그램은 Normalization 을 수행한후 결과값이 나오기 때문에 특별히 추가로 할일은 없습니다. 예를 들면 10-Plex TMT를 이용하여 실험한후 Proteome Discover로 분석하게 되면 모든 Channel에 대해 Normalization이 됩니다. 아래는 10-Plext TMT 실험후 Normalization 이전과 이후의 Boxplot 그래프입니다. 그러나 가끔 이러한 프로그램없이 .. 2020. 6. 7. 처음부터 글 잘쓰는 사람은 없습니다 - 이다혜 연구보고서나 이메일 쓰는것이 글쓰기의 전부인 내가 왜 글쓰기에 대해 배우고 싶어하는지 모르겠다. 요즘 블로그를 만들고 있다보니 글쓰기의 중요성을 좀 알게 되어서 그런가보다. 그래서 글쓰기에서 기술적인 부분을 배우고 싶었다. 내가 쓰는 글이 좀 더 명확하고 조리있게 될 수 있기를 바라는 마음으로 이 책을 읽기 시작했다. 하지만 얼마 읽지 않아서 이 책의 목적은 그런 기술을 가르쳐주는 책이 아님을 알게 되었다. 오히려 글 쓰는 일을 직업으로 하는 사람이 들어야 할 전반적인 내용이 들어 있다. 문장을 잘 쓰고 싶은 사람이 아닌 책을 쓰고 싶은데 어떻게 시작해야 할지 모르는 사람이 읽어야 하는 책이다. 평생 글쓰기만 한 것 같은 저자의 내공이 느껴진다. 딱히 어려운 말이나 교훈적인 말은 거의 없다. 물론 심사숙.. 2020. 6. 6. 초보자가 알아야할 급성장하는 새로운 회사주식을 찾는 방법? 테슬라와 애플 같은 주식은 어디에서 찾을 수 있을까? 간단히 답하자면 아주 빠르게 그들의 수익이 증가하는 젊은 회사를 찾으면 됩니다. 코카콜라 같은 주식의 경우 매우 느리게 성장하는 주식 중에 하나입니다. 코카콜라는 지난 5년간 단지 년 4.5%의 수익성장을 기록하였다. 반대로 애플의 경우 지난 5년간 연 수익 증가율은 36% 였습니다.. 코카콜라와 같은 회사는 그들의 성장속도를 쉽게 예상할 수 있는 반면에 느리게 성장하는 회사입니다. 하지만 테슬라나 애플은 다릅니다. 빠르게 성장하는 회사는 미래의 수익을 예상하기가 꽤 어렵습니다. 그들의 주식의 변동이 아주 Volatile 하기 때문이다. 즉 급격히 성장하는 모멘텀 주식을 찾을려면 년 수익이 급격히 성장하는 회사를 찾으면 됩니다. 이러한 회사는 간단히 .. 2020. 6. 4. BioPureSPN HILIC (ERLIC) Spin-column의 용량및 성능검증 Nestgroup사에서 판매하는 BioPureSPN HILIC 컬럼에 대해서 테스트해 보았습니다. 다음에 올리겠지만 HILIC 컬럼은 C18와 더불더 펩타이드의 분획에 유용하게 사용됩니다. 그래서 C18 과 HILIC 컬럼 두개를 동시에 사용하면 보다 많은 단백질/펩타이드을 검출할 수 있습니다. Vendor: The Nest group BioPureSPN MACRO, 100mg, 120Å, "PSA" (Primary Secondary Amine) ERLIC-WAX 0.2-1mg/35-350µg capacity, 50-200µL, 100/bx 컬럼용량 확인 및 성능검증 새로운 컬럼을 구매하면 먼저 컬럼의 용량을 확인합니다. 회사에서 제공하는 용량은 정확하지 않습니다. 또한 특정한 조건에 테스트를 하기 때문.. 2020. 6. 3. 이전 1 ··· 73 74 75 76 77 78 79 ··· 90 다음
