프로테오믹스(단백체학)362 Proteome Discoverer 결과파일에서 원하는 단백질 fasta 파일 추출하기 Proteome Discoverer 검색후 검출된 단백질중에 해당 fasta 파일만을 추출하여 저장할수 있습니다. 가끔씩 특정 단백질의 fasta 파일이 필요할때도 유용하게 사용할수 있습니다. 온라인상에서도 쉽게 다운받을수 있지만 가끔씩 txt파일로 저장될때가 있습니다. 추출방법 검출된 결과에서 원하는 단백질에 check 표시를 합니다. 여러개를 선택하면 여러개의 단백질 fasta 파일을 한개로 만들수 있습니다. File-Export-To FASTA 를 선택 합니다. 원하는 파일이름과 저장폴더를 선택한후 "Export"를 누르면 끝납니다. 아주 간단하지요? 2021. 8. 27. 시스템 상태와 분석법 최적화를 위한 QC 검증 툴-Proteomics Quality Control (PTXQC) 최근에 QC용으로 사용하는 프로그램을 소개하고자 합니다. 2016년에 발표된 논문입니다. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26653327/ Proteomics Quality Control: Quality Control Software for MaxQuant Results, J Proteome Res . 2016 Mar 4;15(3):777-87 개요 MaxQuant를 통해 얻어진 결과를 분석하여 다양한 그래프로 보여줍니다. 특별히 dragNdrop 기능은 특별히 사용자가 프로그램을 오픈할 필요가 없이 그냥 MaxQuant의 결과 폴더를 drag만 하면 자동으로 결과를 보여줍니다. 컴퓨터 언어를 전혀모르는 사람도 마우스만 움직일수 있으면 가능합니다 설치파일과 설명은 아래와 같습니다.. 2021. 8. 25. 엑셀의 글자 자동 오류 수정으로 gene name이 바뀌는 현상 오래된 문헌이지만 최근에 보게 되었습니다. 아시겠지만 엑셀에는 날짜를 자동으로 인식하여 변경해주는 기능이 있습니다. 하지만 이러한 기능때문에 gene name이 날짜로 바뀌는 일이 발생합니다. 예를 들면 SEPT2(Septin 2) 나 MARCH1(Membrane-Associated Ring Finger)는 2-Sep 과 1-Mar 로 바뀌는 경우가 생깁니다. 수많은 리스트중에서 자동변환된것이라 연구자는 알아차리기가 어렵습니다. 실제 논문에 등재된 supplementary 데이타에서 이런 오류를 많이 발견할수 있었다고 하네요. 저자는 NCBI GEO에 등재된 4321개의 엑셀파일을 조사한결과 약 39.7%에 해당하는 결과가 오류를 가지고 있었다고 합니다. 이렇게 변환된 결과는 아마 차후 통계처리하는 과정.. 2021. 8. 25. MSFragger, 데이타베이스 검색 프로그램 질량분석기에서 얻어진 결과를 검색하는 소프트웨어는 아주 다양합니다. 보통 상용화된 프로그램을 사용합니다. 하지만 Bioinformatics를 전문으로 하는 그룹들이 자체적으로 개발한 프로그램들을 무료로 배포하고 있습니다. MaxQuant 가 대표적인 무료 프로그램입니다. 이외에도 많은 프로그램을 논문에서 찾아볼수 있습니다. 한가지 단점은 실제 사용할려고 하면 쉽게 설치가 안되는 경우가 있습니다. 프로그램언어를 아는 사람들은 쉽게 설치하고 사용하지만 저와 같이 잘모르는 사람들은 잘 안될때가 많습니다. 필요한 source code로 적혀있지만 무용지물입니다. 최근에 MSFragger를 설치하여 간단히 사용해보았는데 아주 만족하게 되었습니다. 설치도 간단하고 온라인에서 설명도 잘 되어 있습니다. 이 프로그램의.. 2021. 8. 19. N-terminal glutamine (Q) 과 glutamic acid (E)의 pyroglutamate Modification N-terminal pyroglutamate(pE) 형태는 일반적으로 monoclonal antibodies의 공정에서나 혹은 저장과정에서 자주 발생하는 PTM중 하나입니다. N-terminal glutamine (Q) 과 glutamic acid (E) 가 pyroglutamate 형태로 바뀌게 됩니다. 이 과정에서 분자량은 아래와 같이 줄어들게 됩니다. 일반적인 PTM 의 경우 분자량이 증가하지만 이것은 감소합니다. Glu(E)->pyro-Glu : -18.0153 Da Gln(Q)->Pyro-Glu : -17.0265 Da Proteome Discoverer에서 N-terminal pyroglutamate modification 설정 Proteome Discoverer에서는 해당 PTM이 존재함으로.. 2021. 8. 18. Raw 파일에 사용된 method를 Xcalibur에서 바로 불러오기 새로운 프로젝트를 시작하게 되면 가장 먼저 해야할것 중에 하나가 LC-MS/MS 를 최적화하는것이 아닐까 생각합니다. 이를 위해서는 보통 최신 논문에서 사용한 parameter들을 그대로 적용해서 테스트하게 됩니다.' 새롭게 업데이트된 Xcalibur 프로그램은 분석이 완료된 raw파일로부터 method를 그대로 불러 올수 있다는것을 알게 되었습니다. 요즈음은 논문제출시 모든 결과에 대한 raw파일을 ProteomeXchange (http://www.proteomexchange.org/)와 같은 public site에 업로드를 해야 합니다. 즉 모든 사람들이 raw 파일을 다운받을수 있습니다. 다운받은 파일을 Xcalibur에서 불러오기만 하면 됩니다. 물론 사용하는 장비가 raw파일에서 사용한 장비와 .. 2021. 7. 28. 이전 1 ··· 29 30 31 32 33 34 35 ··· 61 다음
