Glycopeptides 구조분석을 위한 stepped NCE fragmentation

앞의 글에서도 설명을 한바 있지만 N-linked glycopeptides의 MS2 스펙트럼은 특징적인 부분이 있습니다.

먼저 낮은 m/z에  GlcNAc 혹은 Mannose 이 단일 혹은 두개 정도 붙은 oxonium ions 이 높은 감도로 나옵니다. 그리고 높은 m/z 영역에서 펩타이드에 여러 종류의 glycan이 붙은 피크들이 나옵니다. 그리고 m/z300 ~1000 사이에서 펩타이드의 backbone에 해당하는 -y, 혹은 -b 이온이 낮은 감도도 나옵니다.

 

Glycopeptides가  HCD를 통해 조각이 날때  glycan이 쉽게 먼저 떨어집니다. 즉 사용되는 에너지들의 대부분이 펩타이드에 붙어 있는 glycan들을 조금씩 떼어내는데 사용됩니다. 이러한 이유로 일반적인 펩타이드에서 볼 수 있는 다양한 y, b ion은 볼수가 없습니다. 펩타이드 backbone을 떼어낼 만한 에너지를 다 소모해버렸기 때문입니다(쉽게 설명하는 차원에서).

 

물론 높은 fragementation에너지를 사용하면 조금 더 펩타이드 backbone이 잘 떨어져 나옵니다. 하지만 반대로 구조분석에 필요한 펩타이드+glycans 에 해당하는 피크의 감도는 상대적으로 감소합니다.

 

이러한 이유로 한 시료를 다양한 NCE 값을 가지는 method로 분석하기도 합니다. 하지만 stepped NCE를 사용하면 여러번 분석할 필요없이 한번 분석으로 그 효과를 볼 수 있습니다.

 

 

 

아래와 같은 다양한 NCE 값에서 얻어진 N-linked glycopeptide 스펙트럼입니다.

NCE 값이 증가할 수록 oxonium 이온들과 펩타이드+glycans에 해당하는 피크들의 높이는 감소하고 펩타이드 backbone 의 b 혹은 y ion들의 피크는 상대적으로 증가합니다.

 

 

 

위와 같은 정보를 이용하여 3가지 서로 다른 값으로 stepped NCE를 설정했습니다.

 

 

아래 스펙트럼에서와 같이 3가지 영역에서의 피크들이 골고루 잘 나왔습니다.

 

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