Highly efficient on hydrophilic peptides -110 cm µPAC Neo Column

오래간만에 글을 씁니다.

작년 말에 간단히 시도했던 실험이 의외로 잘되어서 실험을 계속 진행했습니다. Histone PTM 분석방법을 개발하고 있습니다. 기존에 좋은 방법들이 많이 있지만 다른 접근방법을 시도하고 있습니다. 년초 필라델피아에서 있엇던 US HUPO에서 포스터 발표도 하고 지금은 논문을 쓰고 있습니다.

 

실험결과중 하나인데 110 cm µPAC Neo Column의 효율성에 관한것입니다. Lysine이 풍부한 histone peptide의 경우 C18컬럼에 잘 결합되지 않는 경향이 있습니다. 그래서 Chemical derivatization을 하는 경우도 많습니다.

 

아래는 기존의 packed-bed 컬럼(75 µm x 20 cm, 1.9 µm C18)과 110 cm µPAC Neo 컬럼을 비교한것입니다. Packed-bed 컬럼은 연구소에서 계속 사용하고 있는 컬럼입니다. (https://proteomicstechnology.tistory.com/570)

 

 

50ng HeLa digestion의 경우 둘 다 아주 좋은 분해능을 가지고 있습니다.

 

 

대표적인 2개의 hydrophilic Histone 펩타이드의 경우  Packed-bed 컬럼에서 결합하지 않고 용리되었습니다.  그러나 110 cm µPAC cm  Neo 컬럼에서는 좋은 분해능으로 검출이 되었습니다. Hydrophilic한 성질이 커서 그런지  110 cm컬럼에서의 거의 앞쪽에서 용리가 되었습니다.

 

 

이 결과로 보면  110 cm µPAC cm  Neo 컬럼을 사용할 경우  기존에 검출하지 못했던 hydrophilic 한 펩타이드를 새롭게 검출할수 있을것 같네요

 

 

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