프로테오믹스(단백체학)362 [Biognosys spectronaut] Configure condition 설정 Spectonaunt 메뉴얼에 보면 Experimental Setting시 각각의 run에 대해서 condition, biological replications, fractionation을 설정하도록 되어있습니다. 이것은 시료의 그룹별로 적절히 정량분석하기 위함인것 같습니다. 물론 Spectronaut는 fractionation후 수행하는 DIA 는 추천하지 않습니다. 각각의 조건에 따라 동일한 그룹에 대해서 동일한 색깔로 자동 표시가 됩니다. 앞에 글에서 수행했던 데이타를 이용하여 Grouping을 하지 않았을때와 했을때 정량값에 대한 차이가 있는지 확인해 보았습니다. 아래와 같이 동일한 양의 HeLa에 서로 다른 양의 ovalbumin 을 spiking 한 시료를 반복 주입한 데이타 입니다. 얻어진 .. 2020. 8. 8. O-linked glycopeptides 검출을 위한 Targeted Mass trigger HCD+EThcD fragmentation Single sugar (HexNac)이 붙은 O-linked glycopeptides분석에 있어서 HCD와 EThcD을 혼합된 분석법으로 검출을 해보았습니다. 앞의 글에서 HCD 를 이용하여 간단한 구조의 O-linked glycopeptides는 Byonic과 같은 특별한 추가적인 프로그램이 없이 Proteome Discoverer의 Sequest 검색만으로 찾아낼수 있음을 확인하였습니다. 또한 EThcD의 유용성도 테스트 해보 았습니다. 관련글) Longer peptide fragmentation with HCD, ETD, and EThcD 관련글) HCD fragmentation 과 Proteome Discoverer 및 Byonic 을 이용한 O-linked glycopeptide 분석 그러므로.. 2020. 8. 5. [Biognosys spectronaut] DIA normalization Setting (Ovalbumin DIA 정량분석) 이전글에 TMT 분석에서 MS2 와 MS3의 정량성과 Label-free quantitation의 정량성에 대한 실험을 했었습니다. 이전글) TMT 정량의 분석에서의 SPS MS3 방법은 진짜 좋은가? 동일한 시료를 이용하여 DIA 분석을 통해 TMT 분석과의 정량성 차이를 보고자 하였습니다. 또한 Biognosys사의 Spectroanut에서 몇가지 normalization 옵션을 비교해 보았습니다. 2.5ng, 25ng, 50ng의 Ovalbumin을 동일한 양의 HeLa digest에 Spiking 하여 DIA를 분석하였습니다. 장비는 Easy nLC 1000 과 Q-Exactive 입니다. 3번 반복실험후 Biognosys 사의 Spectronaunt 프로그램을 이용하여 정량분석을 하였습니다. S.. 2020. 8. 3. 간단한 DIA method 조건 테스트 질량분석기의 조건을 최적화하는데 있어서 사람마다 성향이 있을것입니다. 하나의 조건으로 다양한 시료를 분석할 수도 있고 아니면 그때 그때 마다 조건을 바꾸어서 최적화 할수도 있습니다. 누구나 최적화 된 상태에서 자신의 시료를 분석하고 싶어할 것입니다. 그래서 장비를 만지기를 좋아하는 사람은 질량분석기의 파라미터를 하나 하나씩 바꾸어 가면서 최적화 합니다. 저도 이전에는 그렇게 하긴 했는데 투자 대비 얻는것이 상대적으로 미비한것 같습니다. 논문에 나오는것 처럼 다양한 파라미터를 바꾸어서 최적화 하더라도 시간이 지남에 따라 장비의 감도가 떨어짐으로 효과가 감소합니다. 대략 좋은 조건을 찾으면 특별히 많이 바꾸지 않고 사용합니다. DIA 정량분석을 위해 Q-Exactive HF를 이용하여 간단히 몇가지 조건으로.. 2020. 8. 1. Longer peptide fragmentation with HCD, ETD, and EThcD 가끔씩 아주 긴 펩타이드를 검출해야 될 때가 있습니다. bottom-up과 top-down 의 중간정도인 middle-down 분석이라 할 수 있습니다. Trypsin으로 단백질을 절단할때 가끔씩 Lysine과 Agrinine의 분포도가 적어서 아주 긴 펩타이드가 생성되기도 합니다. 또한 원하는 펩타이드의 조각을 얻기 위해서 trypsin이 아닌 다른 enzyme을 사용해야 될때가 있는데 이때도 가끔 긴 펩타이드가 생성됩니다. Histone의 경우 Molecular weight이 작은 뿐더러 Lysine과 Arginine이 많이 분포되어 있어서 trypsin으로 절단하게 되면 LC-MS/MS에 적절한 길이가 생성되지 않습니다. 이러한 이유로 Glu-C 와같은 enzyme을 사용하게 됩니다. 이때 아주 긴.. 2020. 7. 31. Nano ESI Spray 상태확인을 위한 Dino-lite Camera Q-Exactive 와 Orbitrap series 구매시 함께오는 카메라와 스크린은 컬럼의 Spray 상태를 확인할 때 아주 유용합니다.하지만 최근에 스크린 연결없이 바로 컴퓨터에 프로그램을 설치하여 컴퓨터 모니터를 통해 바로 볼수 있습니다. 화질도 훨씬 더 좋아졌네요. 무엇보다 컴퓨터 화면에서 직접 볼수 있으니 원격으로 연결시 언제든지 Spray 상태를 확인할 수 있습니다. 요즘은 많은 분들이 원격으로 장비를 운용합니다. 출근전에 BSA등 standard 분석을 시작하면 연구실에 들어왔을때 결과를 볼수 있지요. 장비에 아무 이상이 없다는것을 확인하면 바로 분석을 시작할 수 있어서 시간을 많이 아낄 수 있습니다. 이럴때 분석전에 컬럼의 tip상태 및 spray상태를 확인하고 시작하면 좋겠지요. 아래는 .. 2020. 7. 26. 이전 1 ··· 49 50 51 52 53 54 55 ··· 61 다음
