프로테오믹스(단백체학)362 Increasing the number of Plasma protein identification with a deglycosylation? 개인적으로 Plasma 시료는 재미없는 시료중에 하나라고 생각합니다. 검출되는 단백질의 수가 많지 않으며 다양한 종류의 환자 시료에서도 검출되는 단백질은 거의 동일합니다. 조건을 잘 잡고 실험을 해도 새로운 단백질이 검출되는 것이 아니라 항상 검출되는 단백질의 펩타이드가 더 많이 검출될 뿐입니다. 분획을 하면 도움이 되겠지만 분획을 하는데 소요되는 노력에 비해서는 얻는것이 많이 없습니다. Human plasma에 존재하는 많은 high abundant proteins은 N-linked glycosylation이 되어 있습니다. 보통 N-linked glycopeptide의 경우 한 sequence에 여러 다른 종류의 glycan이 결합되어 있습니다. 이러한 이유로 tryspin digestion을 처리하.. 2020. 9. 3. DIA Spectra library 를 위한 Spin-column 형태의 hpRP, SCX, and HILIC 기반 펩타이드 분획 DIA 분석을 위해서 HPLC 장비를 이용하여 대량으로 시료를 분획하여 DDA로 Spectra를 생성합니다. 하지만 가끔씩 HPLC 장비의 이용이 불가능할 때가 있습니다. 이럴때 서로 다른 Chemistry를 갖는 여러개의 Spin-column 을 이용하여 쉽게 분획 할 수 있습니다. 작년에 자궁경관(human Cervix)에 대한 정량분석 요청이 있습니다. 약 150개의 시료에 대해 DIA를 수행해야했습니다. HPLC 장비를 이용하여 분획을 하기도 하지만 HPLC 장비를 사용하는것이 번거로울때도 있습니다. Spectra library를 위해 hpRP, SCX, HILIC spin-column을 사용하였습니다. hPRP, HILIC spin-column은 이전 글에 설명이 되어 있습니다. BioPureS.. 2020. 9. 1. EncyclopeDIA, Spectronaunt, PD2.4 with Overlap & non-Overlap DIA and DDA analysis 앞에 글에서 EncyclopeDIA 분석법에 대해서 설명을 하였습니다. 동일한 시점에서 동일한 시료/장비를 이용하여 Overlap DIA, non-Overlap DIA, 그리고 DDA (LFQ)의 결과를 비교하였습니다. Overlap DIA로 분석한 데이타는 EncyclopeDIA 와 Spectronaunt로 각각 분석하였습니다. EncyclopeDIA로 분석시에는 GPF에서 얻어진 Spectra library를 사용하였고, Spectronaunt 분석시에는 HRMSconverter 를 이용하여 변환한뒤 DDA 로 얻어진 Spectra library를 사용하였습니다. Non-overlap DIA의 경우 Spectronaunt 로만 분석하였습니다. 또한 DDA로 분석한 LFQ실험은 Proteome Disc.. 2020. 8. 20. Overlap DIA 파일을 HTRMSConverter 로 변환하여 Spectronaunt 분석하는 방법 여러 논문에서 Overlap DIA의 유용성에 대해 설명하고 있습니다. EncyclopeDIA 기반의 분석법도 Overlap DIA 방법을 사용합니다. 기존의 Spectroanut 는 overlap DIA 파일을 완벽하게 지원하지 못했습니다. 즉 분석과정에서 많은 스펙트라가 손실되었습니다. 그러나 최근 version 14 이후부터는 Overlap DIA 파일을 HTRMS converter (무료로 다운로드 가능)를 이용하여 변환한후 Spectronaunt로 분석이 가능해 졌습니다. 1. HTRMSConverter (version 14) 2. Setting 아래와 같이 셋팅값에서 MS2 DeMultiplexing을 선택합니다. 그리고 옵션으로 Centroid를 선택할수 있습니다. 이 셋팅값은 따로 저장할수.. 2020. 8. 19. Gas-Phase Fractionation 과 EncyclopeDIA 을 이용한 DIA 단백질 정량분석 최근에 각광받고 있는 EncyclopeDIA 방식의 DIA 분석법을 테스트 해보았습니다. 두 논문에서 주도적으로 실험을 주도한 Lindsay 박사가 저희 센타 Director 의 랩에 최근에 Postdoc로 들어와서 도움을 많이 받게 되었습니다. 이 방식은 기존에 널리 사용된 방법인 펩타이드를 분획후 DDA 방식으로 얻은 데이타를 Spectra library 로 사용하는 방식과는 다른 방식을 사용합니다 관련 논문은 아래와 같습니다. Searle BC, Pino LK, Egertson JD, et al. Chromatogram libraries improve peptide detection and quantification by data independent acquisition mass spectrome.. 2020. 8. 17. [Biognosys spectronaut] DIA 분석에서 Spectra library에 따른 단백질 검출차이 요즘 DIA 분석법이 매우 각광받고 있습니다. 우리도 분석서비스에 DIA 분석을 제공하고 있습니다. 개인적으로 이 기법에 대해 초보라서 질량분석기 측정에서 부터 데이타 분석까지 최적화 해야 될 부분이 많은것 같습니다. 분석시 사용하고 있는 Spectronaunt 프로그램에서 이것저것 테스트 해보고 있습니다. 이번에는 동일한 DIA 파일에 대해 몇개의 다른 Spectra library를 비교하여 결과를 비교해보았습니다. 이를 위해 QE-HFX 에서 8번의 반복으로 얻어진 100ng HeLa standard digest 결과를 사용하였습니다. 사용한 spectra library 는 아래와 같습니다. HeLa digest->Offline hPRP fractionation->15fractions->QE-HF->.. 2020. 8. 14. 이전 1 ··· 48 49 50 51 52 53 54 ··· 61 다음
