프로테오믹스(단백체학)362 Disulfide bond peptide의 분자량값 계산 Disulfide 펩타이드를 수작업으로 분석시 disulfide bond로 결합될때의 m/z 값을 알고 있어야 합니다. 두 펩타이드의 분자량값을 더 한후 sulfide bond시 각 펩타이드에서 떨어지는 H의 분자량을 빼주면 됩니다 (총 2H). Human IgG 의 두개의 펩타이드를 예로 들어보겠습니다. SGTASVVCLLNNFYPR 와 VYACEVTHQGLSSPVTK 먼저 펩타이드의 정확한 분자량을 계산합니다. 인터넷에서 쉽게 계산할수 있습니다. 예를 들어 http://rna.rega.kuleuven.be/masspec/pepcalc.htm 에서 계산할수 있습니다. 아래와 같이 두 펩타이드의 분자량은 각각 2440.0933 과 1385.6132 입니다. 이 두개의 펩타이드의 분자량을 더한후 Disul.. 2020. 11. 3. Proteomics를 활용한 Phosphorylation 실험시 고려해야 될 사항들 PTM 중 가장 많이 분석되고 있는것이 Phosphorylation이라고 생각합니다. Phosphorylation이 생체내에서 다양한 기능을 담당하고 있기 때문이라 생각합니다. 지속적이 질량분석기의 감도의 향상과 더불어 phosphopeptides 을 선택적으로 enrichment 할 수 있는 기술 ( TiO2, IMAC 등)이 많이 개발되었습니다. 이로 인해 이전과는 비교할 수 없는 많은 수의 Phosphopeptide의 검출과 함께 정량분석까지 가능하게 되었습니다. 관련글] Phosphopeptide 분석을 위한 TiO2 와 Zr-IMAC beads 비교 이번에는 Phosphopeptide 분석에 있어서 간과하기 쉬운 몇가지를 설명할려고 합니다. 1)False-positive spectra 의뢰자들의.. 2020. 10. 29. Rat Brain Tissue DIA, Spectonaut directDIA, spectra-library based vs Gas-phase Fractionationed based EncyclopeDIA 최근에 분석한 rat brain tissue DIA 결과를 이용하여 Gas-Phase Fraction(EnclycopeDIA), directDIA(Spectronaut), Spectra-library(Spectronaut)을 비교했습니다. 이전에 동일한 비교를 하였지만 다른 시료형태에서는 어떤 결과가 나오는지 확인이 필요하였습니다. EnclycopeDIA방법에서 사용한 overlapp DIA로 시료를 분석하여 3가지 분석방법으로 데이타를 분석하였습니다. Rat Proteome의 Spectra library는 Spectronaut에서 제공하는 것을 사용하였습니다. 6개의 시료를 이용한 결과는 아래와 같습니다. 이전의 결과와는 다르게 Spectra library를 이용한 Spectronaut에서 가장 많은 .. 2020. 10. 27. Biognosys Spectonaut directDIA vs Gas-phase Fractionation based EncyclopeDIA 이전글에 Fractionation 없이 Gas-phase fractionation을 통해 얻은 Spectra library를 이용한 DIA 분석인 EncyclopeDIA에 대해 설명을 하였습니다. 또한 Biognosys 사의 Spectronuant 의 Spectra library-free 분석법인 direct DIA에 대해도 설명을 하였습니다. 이번에는 EncylcopeDIA분석을 위해서 얻어진 overlapped DIA raw 파일을 이용하여 두 분석법(Spectronaut directDIA vs EncyclopeDIA) 적용하여 비교해보았습니다.(관련글은 맨 아래 참조) Spectronaut directDIA 분석 먼저 12개의 Overlapped DIA raw 파일을 두 가지 방법으로 Spectro.. 2020. 10. 13. 10-plex TMT SPS MS3 분석을 위한 Orbitrap Fusion Method 이전 글에서 TMT분석에 있어서 SPS MS3의 유용성에 대해서 간단히 테스트를 했었습니다. 그 외에 몇가지 분석 parameter 에 대한 테스트를 한것이 있어서 정리 하였습니다. 이전글] TMT 정량의 분석에서의 SPS MS3 방법은 진짜 좋은가? MS3 Resolution 10Plex TMT의 경우 Reporter ion의 분자량 차이가 많이 나지 않음으로 high resolution 이 요구됩니다. 그렇지 않을 경우 정량값에 영향을 줄수 있습니다. 일반적으로 Orbitrap Fusion으로 10-plex TMT 분석을 위해서는 60K의 분리능이 요구됩니다. 최근 SPS MS3 를 이용하여 MS2 기반에서 문제가 되는 TMT reporter ion의 supression를 해결하고 있습니다. 관련 논.. 2020. 10. 10. Spectronaut 에서 Spectra library이 Fasta만을 사용하는 direct DIA 분석 (Human plasma &Achilles tendon) 이전의 테스트에서 Spectronaunt 의 diret DIA 분석법을 이용해 Spectra library 없이 fasta 파일만으로 DIA를 분석하였습니다. 의외로 좋은 결과가 나온것 같아서 기존의 수행한 다른 DIA 분석결과를 이용하여 비교해보았습니다. Human Plasma Samples 먼저 기존의 시료와는 다른 형태인 human plasma를 사용하였습니다. High abundant protein을 제거하지 않은 Human plasma 시료의 경우 검출되는 단백질의 수는 아주 제한적입니다. 대략 250~300개정도가 검출됩니다. 즉 전체 human fasta 파일에서에서 아주 일부분만 검출됩니다. 이 경우 directDIA와 분획후 DDA에서 얻은 spectra library에서의 분석결과를 비.. 2020. 10. 7. 이전 1 ··· 45 46 47 48 49 50 51 ··· 61 다음
