프로테오믹스(단백체학)362 DDA 분석에서 Peak exclusion으로 원하는 펩타이드 제외하기 .시료를 분석할때 용리되는 모든 펩타이드를 질량분석기가 분석하는것은 불가능합니다. 예를 들면 Data-dependent Acquisition (DDA)은 주어진 시간에서 용리된 펩타이드의 Full scan에서 높이가 가장 높은 펩타이드 순으로 검출합니다. 그러므로 상대적으로 펩타이드의 높이가 낮은 경우 MS/MS가 수행되지 않고 넘어갈때가 있습니다. 동일한 시료를 여러번 분석을 하더라도 검출이 되지 않는 펩타이드는 여전히 분석이 안될 가능성이 많습니다. 이때유용하게 사용할수 있는것이 peak exclusion mode 입니다. DDA분석에서 분석후 데이타분석을 합니다. 그리고 검출된 모든 펩타이드의 m/z와 retention time 값을 얻습니다. 이 정보를 동일한 분석방법에 추가하여 해당 peak는 .. 2021. 1. 4. Acetyl 과 Trimethyl isobaric Histone peptides 분석 Histone PTM 분석에 있어서 까다로운 isobaric 중 하나는 Acety (+42.011 Da) 과 Trimethyl (+42.047 Da)그룹이 결합한 Isobaric form 입니다. 이 두개의 분자량은 약 0.03 Da 밖에 차이가 나지 않습니다. 이번에는 두 그룹이 각각 결합한 KQLATKAAR 의 isobaric form을 통해 분석해보았습니다. 이전글] Histone 의 Isobaric PTM Peptides 분석하기 Target Peptides K[Acetyl+Propionyl]STGGK[Propionyl]APR, m/z 528.2958 (2+) K[Trimetyl+Propionyl]STGGK[Propionyl]APR, m/z 528.3140 (2+) Skyline Template .. 2020. 12. 29. Histone 의 Isobaric PTM Peptides 분석하기 histone의 modificaiton을 분석은 다른 단백질 분석과는 다르게 상당히 어렵습니다. 그 이유중 하나는 Acetylation과 Methylation이 결합하는 Lysine이 많이 분포되어 있기 때문입니다. 즉 동일한 펩타이드임에도 서로 다른 위치에 PTM이 되어 있는 Isobaric form이 많이 존재합니다. 결합한 위치는 다르지만 전체 m/z값은 동일하며 retention time의 경우도 동일하거나 거의 유사합니다. 또한 MS/MS 의 product ion들도 겹치게 되어 일단 기존의 방법으로 명확한 분석이 어렵습니다. Human Histone 시료를 통해 설명해보겠습니다. 대표적인 Isobaric PTM 펩타이드인 H3의 KQLATKAAR를 예를 들어보겠습니다. Propionylatio.. 2020. 12. 26. Herceptin, monoclonal Antibody 의 Disulfide bond 펩타이드 분석법 Biologics에 있어서 monoclonal Antibody의 intact N-linked glycopeptides 분석과 더불어 Disulfide bond peptides 분석도 상당한 중요한 분석분야입니다. 이전글] Monoclonal Antibody (mAb)에서 Intact N-linked glycopeptides 분석 그래서 이번에는 Herceptin mAb에서 disulfide bond 펩타이드를 분석해보았습니다. 실험을 위해서 표준단백질을 구매하였습니다. www.sigmaaldrich.com/catalog/product/sigma/msqc22?lang=en®ion=US Reduction 과 akylation과정없이 Lys-C 과 Trypsin를 이용하여 단백질을 절단한후 질량분석기로 .. 2020. 12. 21. Monoclonal Antibody (mAb)에서 Intact N-linked glycopeptides 분석 Monoclonal Antibody (mAb)에서N-linked glycopeptides를 분석을 해보았습니다. 제약회사에서는 mAb의 glycopeptides에 대한 분석이 중요하다고 알고 있습니다. 직접 실험을 해보지는 않았지만 간접적으로 나마 간단히 실험해보았습니다. 차후에 분석서비스에 적용할수 있을지 확인해 보기로 했습니다. 시료는 Waters에서 standard mAb를 구매하였습니다. Intact protein 과 tryptic peptides 형태로 각각 구매할수 있습니다. 두개를 구매했으나 아무래도 tryptic digestion이 된 시료가 더 편한것 같습니다. 관련 정보는 아래와 같습니다 Intact mAb mass check standard proteins ( P/N 186009125.. 2020. 12. 17. 특정단백질 검출시 단일 단백질 fasta로 검색할때 주의할점 Immunoprecipitation (IP)를 한 시료의 경우 예상되는 단백질이 존재합니다. 분석의뢰자는 당연히 그 단백질만 검출될것이라고 예상합니다. 간혹 아주 높은 Sequence coverage로 검출되기를 기대합니다. 특정 단백질이 예상될 경우 데이타 분석시 간편함을 위해서 또는 sequence coverage를 높이기 위해서 해당 단백질만의 Sequence만으로 검색을 합니다. 하지만 이 경우 Sequence coverage는 높아질 가능성이 있지만 false-positive가 더 많이 생성될수 있습니다. 비록 IP를 수행하더라도 완전히 순수한 단백질만을 회수하기는 어렵습니다. 또한 human 시료의 경우 Keratin 불순물로 같이 검출될 가능성이 있습니다. 작은 DB를 사용할 경우 분석오류가.. 2020. 12. 10. 이전 1 ··· 43 44 45 46 47 48 49 ··· 61 다음
