프로테오믹스(단백체학)362 단백질 분석에 있어서 MS Amanda 와 Sequest 검색엔진 비교 MS Amanda는 Sequest, Mascot과 같이 질량분석기의 결과를 검색할 수 있는 알고리즘입니다. 무료로 배포되고 있고 Proteome discoverer에 연결하여 손쉽게 사용할수 있습니다. MS Amanda Proteome Discoverer 에 등록하면 아래와 같이 Sequest, Mascot 등과 같이 검색엔진으로 사용될수 있습니다. Sequest HT와 간단히 비교해보았습니다. 간단히 Hela digest standard를 이용하여 두가지 Mode Orbitrap(MS)-Orbitrap(MS2), Orbitrap(MS)-iontrap(MS2) 로 측정하여 비교하였습니다. 아래 그림과 같이 Proteome Discoverer에서 4가지로 셋팅을 했습니다. Sequesat 와 MS Aman.. 2021. 2. 9. AttractSPE Disk Bio C18 을 이용하여 high-pH RP stage-tip로 펩타이드 분획하기 앞의 글에서 AttractSPE Disk Bio C18의 효율성을 테스트해 보았습니다. 이번에는 이 C18 materials을 이용하여 간단한 방법으로 소량의 펩타이드를 분획후 단백질/펩타이의 검출수를 증가시켜 보았습니다. 이전의 방법으로 C18 Disk 의 materials을 200 ul 파이펫 팁에 충전시켰습니다. 아래 그림과 같이 293T cell lysate 펩타이드를 이용하여 7개로 분획하였습니다. 또한 분획하지 않은 결과와 비교하였습니다. 아래는 분획하지 않은 2 µg 시료는 3번 분석한 크로마토그램입니다. 아래는 10 µg 을 두번 분획후 각각 절반 ( 5 µg on-column)을 질량분석기로 분석한 크로마토그램입니다. 두 번의 분획후 분석한 크로마토그램이 거의 동일한 패턴으로 검출되었습니.. 2021. 2. 5. Pierce™ Top 12 Abundant Protein Depletion Spin Columns 으로 혈액 단백질 검출하기 혈액 단백질 분석에 있어서 Albumin과 같은 high-abundant proteins을 제거하는 방법이 여러가지가 있습니다. 한때 Agilent 의 Multiple Affinity Removal Column (MARC) 을 사용했었습니다. 요즘은 혈액 단백질 분석을 잘 하지 않아서 잘모르겠으나 가끔씩 혈액단백질 시료 분석 의뢰가 요청이 받습니다. 하지만 몇가지 이유로 Depletion 절차는 분석서비스로 제공하지 않습니다. 보통 depletion하지 않은 시료를 바로 분석합니다. 의뢰자들에게 이점을 알립니다. 검출되는 단백질은 high abundant proteins을 포함하여 약 250~300개의 단백질이 검출됩니다. 혹시 간편하게 depletion을 할수 있는 방법이 있는지 찾는중에 Pierce™.. 2021. 1. 31. Thermo Easy nLC method 설정 방법 Easy nL 시리즈는 사용자가 프로테오믹스 분석하는데 있어서 쉽게 사용할수 있도록 디자인 되어 있습니다. 특별히 nano LC에 대해서 잘 알지 못하더라도 쉽게 사용할수 있습니다. 일반 LC와는 다르게 nano LC의 경우 시료를 주입후 질량분석기의 분석이 시작되는 전까지 과정에서 특별한 주의가 필요합니다. 하지만 이 장비는 그 과정을 자체적으로 제어할 수 있게 되어 있습니다. 또한 터치 스크린이라서 장비화면에서도 조작이 가능합니다. 하지만 쉽게 사용할수 있다는 장점과 더불어 다른 LC 장비에 비해서는 modification이 허용되지 않는 단점이 있습니다. 다양한 application에서는 사용하기가 어렵습니다. 일단 Method를 설정하는 방법을 알아보겠습니다. Trap-Column 사용여부에 따른.. 2021. 1. 27. In-source fragmentation (CID) for N-linked peptide Characterization 앞에서 In-source fragmentation 에 대한 설명을 하였습니다. 이번에는 In-source fragmentation 을 N-linked glycopeptide 분석하는데 있어서 어떻게 적용할수 있는지 알아보겠습니다. 이전에 사용했던 mAb 의 EEQYNSTYR에 결합된 N-linked glycopeptide을 이용하여 분석하였습니다. 관련글] Monoclonal Antibody (mAb)에서 Intact N-linked glycopeptides 분석 Peptide Backbone Peak in N-linked glycopeptide fragments 이전 글에서 보듯이 EEQYNSTYR backbone에 다양한 glycan이 붙어 있습니다. 그리고 그들의 MS2 스펙트럼에는 backbone.. 2021. 1. 23. ETD-PRM CID MS3를 이용한 BSA intra- Disulfide-bond 구조 분석 이전 글에 BSA의 disfulide-bond 결합분석법과 Herceptin의 disufide-bound peptide를 ETD-PRM-CID MS3로 분석하는 법을 적었습니다. BSA를 이용한 Disulfide-linked Peptides 검출법 ETD-PRM-CID MS3를 이용한 Herceptin Disulfide-bond Peptide 분석 이전의 실험과 유사하지만 이번에는 Intra- disulfide-bond 결합으로 이루어진 펩타이드를 ETD-PRM-CID MS3로 분석해보았습니다. Intra는 한 펩타이드에 여러개의 cysteine이 있을 경우 한 펩타이드에서 disfulfide-bond가 이루어진 형태입니다. 이전에 분석했던 BSA의 intra- disulfide-bond 펩타이드 (LV.. 2021. 1. 21. 이전 1 ··· 41 42 43 44 45 46 47 ··· 61 다음
