프로테오믹스(단백체학)362 DSSO (disuccinimidyl sulfoxide) Crosslinking (XL-MS) 펩타이드 분석 (BSA+Cytochrome C) Crosslinked peptides 분석은 서비스로 제공하지 않습니다. 아직까지 분석결과를 도출하는데 있어서 표준화된 프로토콜이 없는것 같습니다. 실험실에서 연구용으로는 가능하지만 분석서비스로 제공하기에는 아직까지는 어렵습니다. 두개의 펩타이드가 crosslinker로 연결되어 있어서 MS2 스펙트럼만으로는 두개의 펩타이드를 동시에 검출하는것이 쉽지 않습니다. Crosslinker에 따라 MS2 fragmentation 과정에서 crosslinker 여러가지 형태로 펩타이와 결합된 상태로 나타납니다. 검색프로그램이 이것을 모두 고려해서 분석하기에는 제한이 있습니다. 차후 분석서비스 가능여부를 확인해보고자 Thermo Fisher사의 DSSO (disuccinimidyl sulfoxide) linker를.. 2021. 3. 17. Nano LC 시스템에서 trap column의 셋팅과 역활 Nano LC에서 Trap-column의 주요 역활은 시료를 농축하는것과 더불어 시료에 포함된 불필요한 salt등을 제거하는것입니다. Nano LC를 다루는 사람들은 다 알고 있는 내용입니다. 시료가 충분히 깨끗할 경우 바로 nano analytical column에 주입을 해도 되겠지요. 하지만 여기에서도 어려움이 있습니다.만약 5µL의 시료를 주입한다고 가정합니다. nano analytical column의 유속이 보통 300nL/min입니다. 그러므로 5uL가 모두 컬럼에 Loading 되기까지는 약 16분이 소요됩니다. 시간이 많이 소요됩니다. 혹시 salt 와 같은것이 포함되어 있다면 analytical column에 바로 주입될수 있습니다. 유속을 증가시키면 되지만 이때 컬럼의 압력이 높아지게.. 2021. 3. 17. Orbitrap Fusion에서 Intensity Threshold 설정에 따른 펩타이드 검출차이 LC-MS/MS의 실험조건에서는 Intensity Threshold 가 있습니다. 특히 DDA 분석에서 일정 intensity이상의 피크만을 fragmentation 을 허용하는 조건입니다. 이것은 펩타이드가 적절한 높이까지 왔을때 fragmentation을 수행하여 최대한 좋은 MS2 스펙트럼을 얻기위함입니다. 또한 불필요한 피크 특히 background peaks에 대해서 MS2를 수행하지 못하도록 하여 주어진 시간에 최대한 펩타이드만을 분석하기 위함입니다. Background peak는 single charge임으로 MS2가 수행되지 않도록 설정할수 있습니다. 하지만 background peak들은 intensity가 매우 낮고 다른 피크들과 섞어 있어서 single charge임에도 multipl.. 2021. 3. 10. Pharmafluidics 사의 µPACᵀᴹ 컬럼 사용후기 최근 Pharmafluidics사에서 출시된 µPACᵀᴹ컬럼이 논문에서 종종 등장합니다. Nano column을 사용하는데 있어서 가장 큰 단점은 아마 쉽게 막히거나 Retention time의 재현성이 상대적으로 낮다는것입니다. µPACᵀᴹ 컬럼은 회사 홈페이지에서 설명되어 있듯이 시료에 의해서 컬럼이 막히는 일없이 거의 영구적으로 사용할수 있다고 합니다. 이 컬럼은 기존의 beads 형태의 C18 materias도 되어 있지않고 semi-conductor형태로 형성되어 시료에 의해서 막힐수가 없는 형태라고 설명되어 있습니다. 또한 매우 낮은 압력이 걸린다는것입니다. 아마 nano column을 사용하시는 분은 이것이 얼마나 큰 혜택인지 아실껍니다. µPACᵀᴹ Column Appearance 컬럼 한.. 2021. 3. 8. Comparison of BSA HCD, ETD, and EThCD Spectrum Orbitrap Fusion 장비에 ETD 가 설치되어 있지만 활용도가 많이 낮은것 같습니다. HCD의 효율성이 매우 좋아서 인지 ETD는 잘 사용하지 않고 있습니다. 대부분의 실험은 HCD로 충분한 경우가 많습니다. 특별한 경우에는 ETD 가 필수적으로 사용된다고 하지만 그런 경우가 거의 없는것 같습니다. ETD 의 경우 종종 효율성이 낮을때가 있습니다. Precursor ion이 충분히 fragment 되지 않아서 ETD MS2에서 충분한 정보를 얻지 못할 때도 있습니다. 이러한 점을 개선하고자 EThCD가 나왔습니다. 아래에서와 같이 ETD에서 Supplemental Activation 를 추가하여 EThcD 를 수행할수 있습니다. 즉 ETD만으로 Precursor ion이 충분히 fragmenta.. 2021. 3. 7. EXP®2 TI-LOK™ Hand-Tight Adapters, UPLC에 Capillary 컬럼을 손쉽게 연결하기 컬럼을 충진후 LC에 장착하여 실제 분석을 하기전에 몇가지 단계가 있습니다. Gas 충진한 컬럼은 완전히 조밀하게 충진이 안될 경우가 많습니다. 그래서 일단 C18이 충진된 컬럼은 nano LC에 연결하여 추가적으로 압력을 가하여 완전히 충진을 시켜야 합니다. 그리고 원하는 길이로 절단하여 사용합니다. 이때 컬럼을 nano LC에 연결하기 위해서는일반적으로 sleeve와 metal nut와 ferrule이 필요합니다. 보통 여기에 capillary를 삽입하여 tight 하게 연결하고 난후 capillary를 제거하면 다시 사용이 불가능합니다. 그래서 컬럼 충진후 LC에서 추가 충진후 적당한 길이로 절단하여 다시 연결할때는 새로운 sleeve와 metal nut가 필요합니다. 가끔 이것은 아주 번거롭습니다.. 2021. 3. 5. 이전 1 ··· 38 39 40 41 42 43 44 ··· 61 다음
