프로테오믹스(단백체학)362 In-source fragmentation (CID) for peptide fragmentation In-source fragmentation 이라는 방법이 있습니다. 일반적으로 펩타이드는 ion source를 거친후 collisio cell에서 gas와 충돌하여 fragmentation 됩니다. 하지만 In-source fragmentation (CID)는 이름 그대로 source 안에서 펩타이들이 fragmentation이 됩니다. 특별히 사용되지 않는 기술이지만 제한적이나마 몇몇 실험에서 유용하게 사용될수 있습니다. MS1만 가능한 질량분석기의 경우 이 방법을 이용하여 MS2 fragmentation의 효과를 볼수 있습니다. In-source fragmentation이 일어나면 조각난 이온들이 질량분석기로 들어와서 검출되기 때문에 MS1 스펙트럼은 이미 조각난 펩타이드들의 결과가 보여집니다. 즉 .. 2021. 1. 20. AttractSPE Disk Bio C18 를 이용한 펩타이드 정제 (Peptide clean-up) AttractSPE Disk Bio C18 작년에 Affinisep 회사(www.affinisep.com/)에서 테스트용으로 AttractSPE Disk Bio C18 를 받았습니다. Pre-packed C18 tip 은 상대적으로 비싸기 때문에 C18 disk 로 self-pack으로 사용하는것이 비용면에서 훨씬 좋습니다. 기존에는 3M사의 C18 Disk를 사용해 왔습니다. 만약 효율이 나쁘지 않고 가격이 더 저렴하다면 3M 사의 제품을 대체할수 있으리라 생각했습니다. 이를 위해 간단히 Efficiency를 체크해보았습니다. 아래는 샘플로 받은 C18 disk이며 적절한 크기로 절단해서 파이펫 팁에 충진해서 사용하면 됩니다. 아래는 구멍을 만드는 툴(직접만들었음)이며 실제 충진한 팁 사진입니다. 많은.. 2021. 1. 18. ETD-PRM-CID MS3를 이용한 Herceptin Disulfide-bond Peptide 분석 이전글에서 Herceptin mAb의 Disulfide-bond 펩타이드인 AEDTAVYYCSR-LSCAASGFNIK 를 분석하는 내용을 소개하였습니다. 이번에는 Orbitrap Fusion의 ETD 와 MS3 방법을 이용하여 분석해 보았습니다. Orbitrap Fusion 장비는 Q-Exactive Series와는 달리 다양한 fragmentation이 가능합니다. 이러한 장점을 이용하여 HCD로 검출한 Herceptin Disulfide-bond 펩타이드 를 ETD-PRM-CID MS3를 이용하여 추가 검증해 보았습니다. AEDTAVYYCSR-LSCAASGFNIK 의 4+에 해당하는 m/z 597.2782 를 선택했습니다. MS2 Spectra of HCD, CID, ETD 그리고 EThcD 아래는 .. 2021. 1. 15. No Peptide elution with a newly packed nano-column (Column coating) Nano column 을 사용하시는 분은 대부분 아시는 내용이라 생각합니다. 새로 C18을 충전한 컬럼에서 BSA와 같은 standard peptide mixture가 나오지 않은 경우입니다. 그리고 몇번 더 주입하면 결국 정상적으로 나오게 됩니다. C18은 아래 그림처럼 Octadecy chain 으로 구성되어 있습니다. 매우 Hydrophobic 한 성질을 가지고 있습니다. 즉 C18 정지상이 처음으로 펩타이드와 결합할때 펩타이드들은 이 긴 chain 깊숙이 들어가서 아주 강한 hydrophobic interaction을 합니다. 이때 깊숙이 들어간 펩타이드는 C18와 아주 강하게 결합하여 더 이상 용리되지 않습니다. 소량 주입된 standard 펩타이드은 이 공간을 꽉 채우게 됩니다. 그리고 그 이.. 2021. 1. 13. Glu-C digested Histone 3.1 Middle-down analysis with HCD fragmentation Histone 단백질을 분석하는 방법중 하나가 middle-down 방법입니다. Histone PTM 분석에 있어서 Bottom-up 으로 분석할때 직면하는 여러 단점을 보완할수 있습니다. 하지만 middle-down도 여러 어려움이 있습니다. 상대적으로 펩타이드의 길이가 길어짐으로 bottom-up 형식에서는 좋은 결과가 나오지 않습니다. 특히 LC separation 과 질량분석기에서의 fragmentation 에 한계가 있습니다. 이러한 이유로 C18 대신 PGC컬럼등을 대체하여 사용하며 HCD fragmentation 대신 ETD fragmentation을 주로 사용합니다. Histone H3.1 tail 분석 먼저 HCD 로 분석할때 어떤 결과가 나오는지 살펴보기로 했습니다. 이를 위해 Hist.. 2021. 1. 9. FlashPack: 빠르고 간단하게 분리능이 좋은 nano column 만들기 Fused silica tubing 으로 nano column을 만드는 일은 종종 시간이 많이 걸립니다. 특히 packing이 완료되는데 걸리는 시간이 컬럼마다 다를때가 많습니다. 어쩔때는 하루종일 두었다가 다음날에 완료하는 경우가 있습니다. 보통 컬럼을 만들때 Tip부분이 잘 만들어지느냐에 따라 충진효율이 다를때가 있습니다. Tip의 구멍이 너무 작거나 모양이 좋지 않으면 고압력이 걸려서 지속적인 충진이 안됩니다. 또한 처음에 C18이 tip끝에 어떻게 충진되느냐에 따라서도 달라집니다. C18 Materials이 처음에 Tip끝을 비정상적으로 막아버리게 되면 고압력이 발생하여 충진이 순조롭게 되지 않습니다. 2019년도에 "FlashPack" 을 제목으로 논문이 나왔습니다. 컬럼충진하는데 무슨 새로운 .. 2021. 1. 9. 이전 1 ··· 42 43 44 45 46 47 48 ··· 61 다음
