Chymotrypsin의 "Semi" cleavage 를 이용한 단백질 검출 II

이전 글에 작성된 Chymotrypsin 처리후 데이타베이스 검색시 “Semi” digestion으로 검색하면 추가적인 펩타이드를 검출할수 있음을 설명하였습니다. 한번 더 확인차 BSA standard 를 이용하여 다시 실험을 하였습니다.

 

BSA standard를 Chymotrypsin을 처리후 질량분석기로 검출하였습니다. Raw 파일을 Proteome discoverer 2.4에서 BSA fasta 파일을 이용하여 Chymotrypsin Full 과 Semi로 각각 검색하였습니다.

 

아래는 검색결과입니다. Sequence Coverage는 예상대로 “Semi” 검색에서  약간 높습니다. 하지만 검출된 펩타이드의 갯수는 월등히 높습니다. "Full"에서는 108개가 검출된 반면 "Semi"에서는 401개가 검출이 되었습니다.  이전의 글에서 언급했듯이 검색된 많은 펩타이드들은 false-positive일 가능성이 높습니다.

 

아래 테이블에서 보듯이 Chymotrypsin "Full"에서는 검출이 되지 않은 펩타이들이  "Semi"에서 시리즈로 검출이 되었습니다.

 

여기서 "Semi"에서 새롭게 검출된 펩타이드를 PRM으로 다시 분석하였습니다.

 

아래는 PRM으로 검색된 펩타이드입니다. "Semi"에서 새롭게 검출된 모든 펩타이들이 PRM에서 검출이 되지 않았지만 아래와 같이 몇개의 펩타이드의 경우 충분한 신뢰도로 검출이 되었습니다.  

 

 

 

 

 

이 결과를 통해 “Semi”로 검색하였을 때 새롭게 검출되는 상당수의 펩타이드가 실제 검출되는것임을 알 수 있습니다.

 

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