프로테오믹스(단백체학)361 Trap column에서 Hydrophilic peptides가 손실되는 현상 Thermo 에서 판매되는 trap-column은 크게 두가지가 있습니다. 하나는 일체형으로써 한쪽만 막혀있어서 한 방향으로만 용매가 흘러야 됩니다. 그렇지 않으면 C18 materials이 뒤로 빠져나갈수 있습니다. 다른 하나는 Cartridge 형태로써 양쪽이 모두 막혀있습니다. 하지만 이것은 Cartridge holder가 필요하고 또한 양쪽을 연결할수 있는 짧은 viper tubing이 필요합니다. 이론적으로 봤을때는 추가적인 연결이 필요없는 첫번째것이 더 좋아 보입니다. 하지만 Cartridge holder와 tubing을 가지고 있다면 Trap column cartridge만 바꾸면 되는 두번째 형태가 가격적으로는 더 저렴합니다. Vanquish Neo도 두개 모두 연결할수 있습니다. 하지만 .. 2022. 3. 4. 1.5 mL Tube에서 나오는 Contaminant peaks (FlexMix calibration solution) 최근 Pierce FlexMix solution으로 장비를 calibration하는 과정에서 몇가지 Troubleshooting이 있었습니다. 예상되는 FlexMix peak들의 분포도가 다르게 보여졌습니다. 모두 새 박스를 뜯어서 분석한것입니다. 아래는 알수 없는 피크인 m/z 386가 존재합니다. 이것때문에 calibration가 정상적으로 진행되지 않았습니다. FlexMix의 Contaminant라고 생각했으나 용매를 담아 두었던 1.5 mL tube에서 오염된것이 었습니다. 모든 회사의 1.5 mL tube에서 동일한 peak가 나오지는 않을것입니다. 아무튼 다른 tube에 덜어두는것은 삼가해야 될듯하네요. 아니면 tube를 용매로 세척한후 사용해도 될듯합니다. 2022. 3. 4. Spectronaut 15 의 Direct DIA 테스트 (Plasma & HeLa) 얼마전에 Spectronaut 15를 설치하였습니다. 요즘은 Spectra library 없이 direct DIA 방법을 많이 선호하는것 같습니다. 아무래도 Spectra library를 만들기 위해 소요되는 시간과 노력을 절약하기 위함인것 같습니다. 최근들어 Direct DIA에서 좋은 결과들이 나오고 있습니다. Human Plasma DIA (Q-Exactive HFX) Plasma 분석에 대한 요청이 들어온터라 이전에 분석했던 Plasma 데이타를 Spectronaut15로 분석해보았습니다. 이전에 Spectronaut14로 테스트한것과 유사합니다. Spectronaut 의 directDIA 분석과 Spectra library 기반의 정량분석 비교 Spectronaut 의 directDIA 분석과 .. 2022. 3. 1. Orbitrap Eclipse Data-Indepenant Acquisition-Cycle time vs Top N Exploris480을 설치한후 테스트한것과 동일하게 Orbitrap Eclipse장비에서도 몇가지 테스트를 해보았습니다. 장비의 기능이 향상이 되어서 그런지 특별히 분석조건 최적화하지 않아도 늘 좋은 결과가 나오는것 같습니다. 그리고 주입되는 시료의 양과 Complex가 다양하기 때문에 모든 실험에 적용될수 있는 최적의 방법을 찾는것은 불가능합니다. 아주 특정한 실험에는 그에 맞게 최적화를 따로 해야 됩니다. 간단하게 Data-dependent acquisition에서 Cycle time 과 Numbers of Scan (Top N) 방법을 비교해보았습니다. 일단적으로 가장 많이 사용하는 Cycle time 2 와 Top 20, 30, 40를 비교했습니다. 아래는 100ng HeLa 에 대해 OT-OT.. 2022. 2. 28. Orbitrap Eclipse의 MS3 SPS Real-time search를 활용한 TMT 분석 (TKO TMT 11-plex standard) Orbitrap Eclipse를 사용하는데 있어서 기대감중 하나는 TMT 분석에 대한 성능이 향상되었다는것입니다. 기존의 Q-Exactive시리즈에서 사용했던 MS2 방법은 suppression 문제로 사용하지 않았었습니다. 대체방법으로 Orbitrap Fusion에서 MS3 SPS를 사용해서 이 문제를 많이 해결하였지만 단백질 검출수가 많이 떨어지는 단점이 있었습니다. 그래서 한동한 TMT 정량분석은 사용하지 않았고 DIA만을 사용하였습니다. DIA 분석법을 이용하면 비싼 TMT 를 사용하지 않고도 아주 좋은 결과를 얻었습니다. 하지만 여전히 TMT 분석을 선호하는 분들고 있고 실험전략에 따라 TMT분석이 더 효율적일수가 있습니다. 아마 Thermo Fisher에서 TMT 분석에 대한 광고를 잘 해와서.. 2022. 2. 25. Vanquish Neo/Orbitrap Eclipse 장비 QC를 위한 컬럼 새로 산 장비인만큼 처음부터 QC 프로토콜을 잘 세워야 될것같습니다. 그리고 처음 구매한 장비에서 최대한 Reference data 를 많이 확보해놓아야 합니다. 이것은 차후 장비에 이상이 있을때 비교해 볼 때 아주 유용합니다. 그러므로 최대한 좋은 시스템조건에서 분석을 해야 합니다. 어떻게 셋팅을 할까 생각을 해보았습니다. 1. 좋은 컬럼 그러나 너무 좋으면 안됨 좋은 장비에서 좋은 결과를 얻기 위해서는 좋은 컬럼이 필요합니다. 하지만 QC의 경우 자주 사용해야 함으로 너무 좋은 컬럼은 안될것 같습니다. 즉 Particle size가 너무 적고 길이가 긴 컬럼은 QC 과정에서 종종 막히는 경우가 있습니다. QC 분석은 아무래도 위험성이 적은것이 좋을것 같습니다. 2. 재현성 장기간에 걸쳐서 자주 사용해.. 2022. 2. 23. 이전 1 ··· 25 26 27 28 29 30 31 ··· 61 다음
