프로테오믹스(단백체학)361 Proteome Discoverer 2.4 의 Precursor Detector note를 이용한 단백질 검출 향상법 최근에 Proteome Discoverer 2.3을 2.4로 무료 업그레이드 하였다. 전체적으로 2.3과 크게 다르지 않은것 같다. 하지만 눈에 띄는것이 Precursor Detector node 이다. 인터넷 검색으로 찾아본 봐로는 아래와 같은 특성이 있다고 한다. Spectrum Selector by default chooses isotopic cluster selected by instrument • Precursor Detector node • Detects other isotopic clusters with peaks within the precursor isolation window • Duplicates MS/MS spectrum for each new precursor mass • Only.. 2020. 4. 13. Thermo TSQ Altis™ Triple Quadrupole 를 이용한 프로테오믹스 분석 2018년에 microflow Vanquish UPLC + Thermo TSQ Altis™ Triple Quadrupole 를 설치하였다. 사실 나는 MRM 분석이 주 분야가 아니다. 하지만 설치된후 특별히 테스트 할 사람이 없어서 내가 직접 몇가지 테스트를 진행했다. 1) Q1 Full scan with 2 µg HeLa digest 먼저 대략적인 감도를 측정해보기 위해 2 µg HeLa digest를 Q1 full scan으로 분석해 보았다. 아래는 MS1 Full scan chromatogram이다. 2 µg정도의 양으로 충분한 감도가 나온다는것을 확인하였다. 보통 nano LC system를 이용한 DDA 혹은 PRM 분석에서도 1~ 2 µg정도의 양이 사용되는것을 감안하면 Triple Quadr.. 2020. 4. 12. Spike-in Proteins for quantitative proteomics (Ovalbumin) Human species 시료에 대한 Spike-in Ovalbumin Spike-in 단백질은 분석할 시료의 수가 많은 정량분석에서 유용하게 사용됩니다. 각각의 시료 전처리에 대한 재현성 여부, 각 시료분석 과정에서의 이상여부 확인, 분석후 통계처리시 표준화 (normalization)등에 사용할수 있습니다. 최근 PRM 혹은 DIA등을 이용한 대량의 정량분석법이 널리 이용됨에 따라 정량분석의 정확도 여부가 중요한 요소가 되고 있습니다. 분석의뢰자의 시료의 종은 대부분의 인간유래 종 (Homo Sapiens) 입니다. 그래서 Human 시료에 spiking 할수 있는 적절한 단백질을 찾아 테스트 해보았습니다. 아래 단백질은 대표적으로 human samples에 사용될수 있는 spike-in 단백질입니다.. 2020. 4. 11. PicoSure Test Standard Equimolar mixture of 7 synthetic peptides 시료를 분석하다 보면 결과 생각만큼 좋지 않을때가 있다. 가끔씩은 Background 크로마토그램만 나올 때가 있어서 당황스럽니다. 이럴때는 분석의뢰자들에게 결과를 보여주기가 망설여지기까지 한다. 특별히 장비의 이상이 있었다면 모를까 이유를 알수 없을때는 더 그렇다. 시료 자체의 문제라고 말하면 의뢰자로써는 수긍하기가 어렵고 오히려 기분이 나쁠수가 있기 때문이다. 처음부터 양이 적은 시료 (특히 매우 옅은 진하기의In-gel band) 의 경우 이런 일들이 자주 발생한다. 만약 분석전처리 및 장비의 이상이 없었다는것을 보여줄수있는 데이타가 있으면 대화하기가 수훨해질것이며 필요하지 않는 죄책감을 느낄필요도 없다. 이를 위해서 보통 두가지 방법을 사용한다 1) Trypsin Autolysis Products.. 2020. 4. 10. Byonic™ 와 Proteome Discover의 결합으로 검출단 펩타이드수 증가시키는 방법 분석의뢰자의 시료를 분석하는 입장에서는 아무래도 최대한 많은 단백질 혹은 펩타이드를 검출하고 싶다. 물론 동일한 실험을 반복하던지 사전 분획을 많이 하여 분석하면 검출되는 수는 증가될것이다. 하지만 제한된 시간에서 특별한 노력을 들이지 않고 그 수를 증가 시킬수 있으면 일석이조의 효과를 얻을수 있을 것이다. HUPO와 ASMS 학회의 부스에서 보아왔던 Byonic™ 검색프로그램을 30일 trial로 다운로드 받아서 간단히 테스트 해보았다. Byonic™ 자체를 설치해서 검색할 수 있다. 하지만 현재 2개의 Proteome Discoverer 2.3 라이센스가 있기 때문에 Sequest HT에서 찾지 못하는 단백질/펩타이드를 Byonic이 얼마나 많이 찾을수 있는지가 더 궁금했다. 그래서 Byonic를 P.. 2020. 4. 9. ProteinProspector 를 이용한 특정 Enzyme에 대한 단백질의 예상 절단 펩타이드 확인하는 법 ProteinProspector IP 시료등 단일 표적 단백질의 분석을 진행하기 전에 반드시 거쳐야 할 과정은 적절한 enzyme 을 찾는것이다. 일단적인 단백질 동정분석에서는 trypsin이 큰 문제가 없으나 특별한 분석이 요하는 경우 trypsin이 적절치 않을때가 있다. 1) Protein N-terminal peptide의 PTM 여부 (e.g acetylation) 2)특정 염기의 PTM 여부 3)여러개의 Isoform 단백질을 구별하기 위한 특정 sequence 분석 이런 분석을 위해서는 다른 sequece 검출여부와는 상관없이 원하는 sequence를 질량분석기로 검출해야 된다. 질량분석에 원하는 영역이 적절한 길이 (8~20 염기)의 펩타이드가 생성되는지 확인할때 이 툴이 아주 유용하게 사.. 2020. 4. 9. 이전 1 ··· 55 56 57 58 59 60 61 다음
