프로테오믹스(단백체학)362 BioPureSPN HILIC (ERLIC) Spin-column의 용량및 성능검증 Nestgroup사에서 판매하는 BioPureSPN HILIC 컬럼에 대해서 테스트해 보았습니다. 다음에 올리겠지만 HILIC 컬럼은 C18와 더불더 펩타이드의 분획에 유용하게 사용됩니다. 그래서 C18 과 HILIC 컬럼 두개를 동시에 사용하면 보다 많은 단백질/펩타이드을 검출할 수 있습니다. Vendor: The Nest group BioPureSPN MACRO, 100mg, 120Å, "PSA" (Primary Secondary Amine) ERLIC-WAX 0.2-1mg/35-350µg capacity, 50-200µL, 100/bx 컬럼용량 확인 및 성능검증 새로운 컬럼을 구매하면 먼저 컬럼의 용량을 확인합니다. 회사에서 제공하는 용량은 정확하지 않습니다. 또한 특정한 조건에 테스트를 하기 때문.. 2020. 6. 3. 연구를 위해 얼마만큼의 시료수가 필요한가? (검증력 분석, Power Analysis) 나의 연구분석을 위해서는 도대체 몇명의 환자의 시료가 필요할것인가? 많을수록 좋습니다. 하지만 환자 시료의 경우 무한정 수를 늘리는 것은 현실적으로 불가능합니다. 필요없이 많이 확보하는것도 윤리적인 문제가 될수 있습니다. 물론 시료수가 적게 되면 적절한 통계분석이 어렵게 됩니다. 보통 Grants를 쓰거나 publication을 할때 요구되는 최소한의 시료수가 있습니다. 보통 시료의 수가 30개 이상이 되면 정규분포도가 형성합니다. 그래서 이 정도의 시료 수이면 대체적으로 만족합니다. 하지만 실험에 따라 30명의 환자의 시료를 구하는것이 쉽지 않을 때도 있습니다. 의미있는 결과를 도출하기 위해 필요한 가장 최소의 시료수를 사용한다면 가장 좋을 것입니다. 하지만 어떻게 이 숫자를 결정할 할수 있을까요? 검.. 2020. 5. 23. C18 Spin-Column 으로 High pH Reverse-Phase chromatography Fractionation 하는 법 Harvard Apparatus 의 Micro C18 Spin-column 를 이용한 펩타이드 분획방법이다. 요즘 많이 사용하고 있는 high pH reverse-phase chromatography (hpRP) 를 이용한 방법으로써 알카리성의 buffer와 Acetonitrile의 혼합액으로 펩타이드를 분획방법이다. Hydrophobic C18은 성격 그대로 펩타이드들과 hydrophobic interaction을 통해 분리한다. 일반적인 C18 컬럼에서 펩타이드를 분리하고자 할 때는 산성조건 (pH < 3)에서 이루어진다. 이 산성 조건에서는 펩타이드들이 Protonation이 되어 hydrophobicity가 증가하게 된다. 이것은 펩타이드들이 C18과 다른 상호작용인 아닌 오로지 Hydrophob.. 2020. 5. 10. C18 Reverse Phase Chromatography SpinColumns (Harvard Apparatus)을 이용한 펩타이드 전처리 Trypsin digestion의 양에 따라 적절한 용량의 C18 컬럼을 선택해야 된다. 그렇지 불필요한 시료의 손실이 발생한다. 분석시료의 양에 따라 Harvard Apparatus 사에서 판매되는 Ultra, micro, Macro C18 Spin-column을 사용한다. (10 µg이하의 시료에는 3M 사의 C18 Disk 를 이용해서 충진해서 사용한다. 관련 블로그 보기) 회사에서 제공하는 컬럼 사이즈에 따른 시료 용량은 아래와 같다. 컬럼별 시료 용량 확인 컬럼별로 대략의 시료용량을 확인해 보았다. 아래와 같이 Ultra- 사이즈에는 30 µg (HeLa digest), Micro-사이즈에는 60 µg 과 100 µg(HeLa digest), Macro-사이즈에는 500 µg 과 1000 µg .. 2020. 5. 6. 3M C18 Extraction Disks를 이용한 소량 펩타이드 정제 3M C18으로 충진한 Stage-tip 의 펩타이드의 용량 확인 실험실에서 펩타이드 정제용인 Stage-tip 컬럼제작에 널리 사용되는 3M™ Empore™ C18 Extraction Disks의 용량 테스트에 관한 내용이다. 실험실마다 사용하는 컬럼의 종류도 다양한다. 연구비가 충분한 경우 C18이 충진된 컬럼을 사용하지만 그렇지 않은 경우 대부분 직접 충진해서 사용한다. 이중에서 소량의 펩타이드 정제에 가장 보편적으로 사용하는 제품이 3M™ Empore™ C18 Extraction Disks 이다. (현재 3M™ Empore™ C18 Extraction Disks 은 3M에서 더 이상 생산하지 않고 있다. 하지만 동일한 제품으로 CDS Analytical https://www.cdsanalytica.. 2020. 4. 25. GL-Tip GC (Carbon Spin-column) / Pierce™ Graphite Spin Columns 을 이용한 펩타이드 정제방법 GL Science 사의 Carbon spin-spin column과 Pierce 사의 Graphite Spin column을 이용하여 펩타이드를 정제하고 분획하는 방법을 적고자 한다. Carbon Spin-column (GL Science, P/N 7820-11201 ) 일반적으로 펩타이드 정제를 위해서는 C18 material이 가장 널리 사용되고 있다. 또한 C18으로 충진된 stage-tip column은 high pH Reversed-Phase (hPRP) fractionation 방법을 이용해 소량의 펩타이드를 분획하는데 사용되고 있다. C18과 다른 chemistry를 가지는 Carbon 충진 column은 사용빈도가 상대적으로 낮지만 Hydrophilic 펩타이드의 정제에 유용하게 사용되고.. 2020. 4. 19. 이전 1 ··· 53 54 55 56 57 58 59 ··· 61 다음
