[Biognosys spectronaut] DIA 분석에서 Spectra library에 따른 단백질 검출차이

 

 

 

요즘  DIA  분석법이 매우 각광받고 있습니다. 우리도 분석서비스에 DIA 분석을 제공하고 있습니다.  개인적으로  이 기법에 대해 초보라서 질량분석기 측정에서 부터 데이타 분석까지 최적화 해야 될 부분이 많은것 같습니다.  분석시 사용하고 있는 Spectronaunt  프로그램에서 이것저것 테스트 해보고 있습니다. 

 

이번에는 동일한  DIA 파일에 대해 몇개의  다른 Spectra library를 비교하여 결과를 비교해보았습니다.

 

이를 위해 QE-HFX 에서 8번의 반복으로 얻어진 100ng HeLa standard digest 결과를  사용하였습니다.

 

사용한 spectra library 는 아래와 같습니다.

1. HeLa digest->Offline hPRP fractionation->15fractions->QE-HF->Proteome Discoverer 2.4 -> Spectra library (ㅖ

2. Pan Human Library ( PXD000954) : Spectronaut built-in

3. Human Proteome (A draft map) : Spectronaut built-in

아래는 각각의  Spectra library에 포함되어 있는 펩타이드에 대한  정보입니다. Library마다 Precursors 수, 펩타이드의 수가 상당히 차이가 납니다. 

 

 

 

아래는  동일한 raw files을 이용하여 위의  3가지 종류의 Spectra library로 얻어진 단백질과 펩타이드의 수입니다.  아래 그래프에서 보듯이 Library 차이에 따른 단백질 및 펩타이드의 수에는 큰 차이가 없는것 같습니다.  In-house 와 Pan-Library를 합쳐서 검색한것에도 특별히 좋은 점이 없는것 같고 오히려 감소되었습니다.   아마 3개의 library가 분석한 DIA의 Spectra를 모두  포함하고 있임으로 Library의 정보가 많더라도 더 이상 좋아지는것은 아닌것 같습니다. 하지만  DIA의 Spectra가 매우 많을 경우는  Library 에 따라 새롭게 검출할 수 있는 단백질 및 펩타이드의 수가 증대 될 것이라 생각합니다.

 

 재미있는것은 비록 적은 수 이지만 Draft Map Library에서 더 많이 검출되었습니다. 히지만 missing value 도 같이 증가 되었습니다. 그래서 실제 검출된 수의 차이는 더 미미합니다. 검출된 숫자가 많다고 다 좋은것은 아닌것 같습니다. missing value가 증가되면 그 만큼 다시 제거해야 되는 단백질의 수가 많아 질 수 있습니다.

 

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